轉(zhuǎn)錄組高通量測序

《轉(zhuǎn)錄組高通量測序》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。

1、轉(zhuǎn)錄組高通量測序2010-11-2209:48（第二代高通量測序技術(shù)-454）　　轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細(xì)胞在不同的生長時期及生長環(huán)境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titanium第二代高通量測序儀平均讀長超過400bp，在測序讀長上遙遙領(lǐng)先于其它第二代高通量測序儀，使其成為轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的首選測序平臺，已被廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域?！　　　∫弧⒘_氏454測序技術(shù)在環(huán)境微生

2、物生態(tài)多樣性研究中的突出優(yōu)勢體現(xiàn)在：（1）測序序列長，便于聚類拼接，可以對轉(zhuǎn)錄本進行從頭組裝（denovoassembly）。（2）測序通量高，可以檢測到低豐度轉(zhuǎn)錄本信息。（3）可以對無基因組參考序列的新物種進行轉(zhuǎn)錄組測序，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本和亞型。（4）實驗操作簡單、結(jié)果穩(wěn)定，可重復(fù)性強。無需進行克隆的文庫構(gòu)建，雙鏈cDNA連接454接頭后可以直接進行測序，實驗周期短。（5）測序數(shù)據(jù)便于進行生物信息分析，可以進行基因差異表達分析、鑒定基因的可變剪切以及預(yù)測新基因。二、美吉公司在環(huán)境微生物生態(tài)多樣性研究中的突出優(yōu)勢體現(xiàn)在：（1）擁有自主實驗室和高通量測

3、序平臺，可以根據(jù)客戶要求靈活安排實驗，實驗周期短，取樣方便，質(zhì)量可靠。（2）技術(shù)人員經(jīng)驗豐富，可以穩(wěn)定地進行總RNA的提取和雙鏈cDNA的合成，可以根據(jù)顧客要求第一時間提供實驗方案。（3）有專業(yè)的生物信息團隊和大型計算機，可以為客戶提供個性化的生物信息分析服務(wù)。（4）開放式實驗室，參與式服務(wù)?？蛻舨坏梢詤⑴c整個實驗過程，而且可以參與生物信息分析，提供最為增值的售后服務(wù)。三、服務(wù)流程（1）客戶提供樣本背景信息、實驗?zāi)康暮蛯嶒烆A(yù)期。（2）美吉公司設(shè)計實驗方案，提供測序深度建議和生物信息分析建議。（3）客戶認(rèn)可實驗方案，雙方簽訂項目合作協(xié)議。（4）項目

4、開始運作，美吉公司指定專人和客戶保持無障礙溝通。（5）項目結(jié)束，美吉公司提供標(biāo)準(zhǔn)結(jié)題報告。（6）客戶可以和美吉公司簽訂長期合作協(xié)議，享受折扣和VIP服務(wù)。四、送樣要求（1）動物、植物、微生物組織：>請?zhí)峁┳懔康男迈r樣品，樣品量≥5g；植物材料應(yīng)避免過老的組織，盡量用柔嫩部位。>新鮮程度要求：采樣后將樣品立即液氮速凍－80℃保存（保存期不超過1個月），干冰運輸，運輸時間不超過72h。>樣本保存期間切忌反復(fù)凍融。>樣品質(zhì)量合格與否的判斷標(biāo)準(zhǔn)：RNA提取后經(jīng)變性電泳，各RNA條帶清晰，比例適中，完整性好，無降解。>填寫完整的送樣訂單（請點擊下載），提供盡

5、量詳細(xì)的物種基因組背景資料信息，如：基因組大小，基因平均長度，預(yù)計表達的基因數(shù)量等待。用自封袋密封后隨同樣本一起快遞。>樣本的送樣量和其他具體要求，請致電免費電話400-660-1216。（2）RNA>總RNA＞500ug，濃度＞1ug/ul；>mRNA＞3ug，濃度＞50ng/ul；>OD260/OD280為1.8-2.2；28S/18S＞1.8;RIN≥8（哺乳動物）>質(zhì)檢以我方電泳膠圖、紫外分析儀定量為準(zhǔn)。。>送樣管務(wù)必標(biāo)清樣本編號，管口使用Parafilm膜密封。>樣本保存期間切忌反復(fù)凍融。>送樣時使用干冰運輸。>填寫完整的送樣訂單（請點擊

6、下載）和RNA電泳檢測照片，用自封袋密封后隨同樣本一起快遞。（3）雙鏈cDNA>按照美吉公司提供的cDNA454文庫構(gòu)建流程進行文庫構(gòu)建，去除文庫中的POLY-A。>總量＞5ug，濃度＞50ng/ul，OD260/280在1.8左右。>送樣管務(wù)必標(biāo)清樣本編號，管口使用Parafilm膜密封。>樣本保存期間切忌反復(fù)凍融。>送樣時使用干冰或冰袋運輸。>填寫完整的送樣訂單（請點擊下載）和cDNA電泳檢測照片，用自封袋密封后隨同樣本一起快遞。五、無參考基因組轉(zhuǎn)錄組分析（denovoTranscriptomeAnalysis）>測序和基本數(shù)據(jù)處理合成雙鏈Cd

7、na?????酶切去POLY-A????兩端連接454接頭????454測序????基本數(shù)據(jù)處理（圖像識別、堿基識別、過濾接頭序列）>生物信息分析內(nèi)容??*數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及測序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評估*Contig長度分布*Unigene長度分布*Unigene功能注釋*UnigeneGO分類*Unigene表達差異分析（不少于兩個樣本）*Unigene在樣本間的差異GO分類（不少于兩個樣本）*Unigene代謝通路分析*蛋白功能和分類預(yù)測>應(yīng)用領(lǐng)域*全基因組EST測序*篩選SNV、SSR和InDel分子標(biāo)記*基因表達譜研究*非編碼RNA研究六、有參考基

8、因組的轉(zhuǎn)錄組分析（Transcriptomeanalysiswithreferencegenome）>測序和基本數(shù)據(jù)處理合