系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建PPT構(gòu)建步驟

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1、多序列比對及系統(tǒng)發(fā)生樹的構(gòu)建主要目的：了解分子進(jìn)化及系統(tǒng)發(fā)育分析掌握多序列比對方法熟悉系統(tǒng)發(fā)育樹建立方法掌握用Mega軟件進(jìn)行構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹系統(tǒng)發(fā)生（phylogeny）——是指生物形成或進(jìn)化的歷史系統(tǒng)發(fā)生學(xué)(phylogenetics)——研究物種之間的進(jìn)化關(guān)系系統(tǒng)發(fā)育樹（phylogenetictree）——描述物種之間進(jìn)化關(guān)系系統(tǒng)發(fā)育樹（phylogenetictree）——又稱evolutionarytree進(jìn)化樹)就是描述這一群有機體發(fā)生或進(jìn)化順序的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。它可以用來研究不同物種間的進(jìn)化關(guān)系，這一直是生物學(xué)的研究熱點。拓?fù)洌═

2、opology）將討論范圍內(nèi)的事物之間的相互關(guān)系表示出來，將這些事物之間的關(guān)系通過圖表示出來。兩個臨近的分支的連接處稱為節(jié)點（node）,表示推斷祖先的現(xiàn)存類群在樹最底部的分支點成為根節(jié)（rootnode）,一個單一的共同的祖先被定義為進(jìn)化支（clade）或者單源群（monophyleticgroup）樹的分支模式被成為拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)（treetopology）系統(tǒng)發(fā)育樹建立方法NCBI——BLAST——輸入序列對比——記錄好以下幾方面：名稱：UnculturedbacteriumcloneYU201H10序列號：FJ694683/FJ6945

3、14文獻(xiàn)：TITLECircumpolarsynchronyinbigriverbacterioplankton序列長度：353相似比：99%核酸序列分類地位CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比對程序的Windows版本。ClustalX為進(jìn)行多重序列和輪廓比對和分析結(jié)果提供一個整體的環(huán)境。序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對中加亮保守區(qū)的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統(tǒng)多重比對和輪廓比對需要的所有選項。Clustalx比對結(jié)果是構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的前提打開軟件clustalx具體步驟根據(jù)需要，選定要比對的菌株及

4、相應(yīng)的序列。將序列COPY至記事本1）FileLoadsequences找序列2）AlignmentDocompletealignmentAlign自動生成文件于桌面（序列所在文件夾）..aln是所需文件Mega下載地址http://www.megasoftware.net/作業(yè)：1.使用entrez獲取登錄號為P26374的蛋白序列，然后通過blastp，搜索nr庫中最相似的10個序列，記錄登錄號，用Mega軟件進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建（要求用兩種以上方法）。2.獲取P03958序列，進(jìn)行psi-blast搜索，看看結(jié)果和blastp搜索有什

5、么不同。