HyperChem應(yīng)用-水分子軌道計算.doc

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1、HyperChem應(yīng)用水分子軌道計算構(gòu)造水分子1.在Display菜單，確保ShowHydrogens打開，Rendering對話框Sticks欄中的Perspective關(guān)閉。2.關(guān)閉DefaultElement對話框中的ExplicitHydrogens，設(shè)置缺省元素為O。3.在工作區(qū)畫一個氧原子。4.雙擊Selection激活ModelBuilder。它自動為氧原子添加氫原子。5.設(shè)置Label添加元素符號。結(jié)果是這樣：∣H∣∣∣O╲╲╲H鍵角是109度。結(jié)構(gòu)校準(zhǔn)1.在Edit菜單選擇AlignMolecules。2.在Align對話框選擇Secondary，With對話框選擇YAxi

2、s。3.關(guān)閉MinorAxis。4.選擇OK。得到這樣的水分子：HH╲╱╲╱╲╱╲╱O5.把這個結(jié)構(gòu)保存為h2o.hin。顯示原子電荷1.打開Labels對話框。2.把Charge作為Atom的選項，單擊OK。計算波函1.在Setup菜單選擇Semi-empirical。2.選擇CNDO方法。選擇Options。當(dāng)然也可以選擇其他方法。3.在Semi-empirical的Options的對話框中使用下面的值：Totalcharge:0,Spinmultiplicity:1,SpinPairing:RHF,State:Lowest,Convergencelimit:0.0001,Iterati

3、onlimit:50,Accelerateconvergence:NO。這意味著兩次疊代計算的值的差小于0.0001kcal/mol，疊代次數(shù)已經(jīng)達(dá)到了最大的次數(shù)50次。4.選擇OK回到工作區(qū)。5.選擇Compute菜單中的SinglePoint。結(jié)果：能量，梯度，和原子電荷如圖所示：0.1450.145╲╱╲╱╲╱╲╱-0.290窗口左下角：Energy=-320.414117,Gradient=124.385845,Symmetry=C2V(結(jié)果可能會有略微差別。)畫電勢1.取消labels顯示。2.從Compute菜單選擇PlotMolecularProperties，打開PlotMo

4、lecularPropertiesOptions對話框。3.選擇ElectrostaticPotentia和2DContours。4.單擊ContourGrid標(biāo)簽顯示柵格。5.設(shè)置Horizontalgridpoints為60。6.設(shè)置Verticalgridpoints為60。7.設(shè)置Contourlevels為30。8.設(shè)置PlaneOffset為0.5埃。9.選擇OK開始計算。10.一會兒，將會顯示靜電電位。11.重新打開PlotMolecularPropertiesOptions對話框指定3DIsosurface取代2DContours。12.單擊IsosurfaceRenderi

5、ng標(biāo)簽顯示IsosurfaceRendering屬性菜單。在Electrostaticpotentialcontourvalue文本框中指定值為0.1，選擇Rendering類型為Shadedsurface。13.單擊IsosurfaceGrid標(biāo)簽顯示IsosurfaceGrid屬性菜單。設(shè)置為Mediumgrid。14.單擊OK開始計算。15.重新打開PlotMolecularPropertiesOptions對話框指定3DMappedIsosurface。16.單擊IsosurfaceRendering標(biāo)簽。在文本框指定Totalchargedensitycontourvalue為0

6、.135，選擇Gouraudshadedsurface作為Rendering類型。17.單擊MappedFunction標(biāo)簽。指定Minimum值為-1.0，Maximum值為1.0，并保證DisplayRangeLegend選項打開。18.單擊OK開始計算。畫總電荷密度由于HyperChem中的半經(jīng)驗方法不包括內(nèi)層電子，顯示的電荷密度是價電荷密度。畫總電荷密度：1.打開PlotMolecularProperties對話框。2.選擇TotalChargeDensity類型，選擇2DContours，單擊OK關(guān)閉這個對話框。總電荷密度也可以顯示為3DSurface，但不能用Mapped3DSu

7、rface。