如何運用blast進(jìn)行序列比對

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1、如何運用BLAST進(jìn)行序列比對、檢驗引物特異性提到序列比對，絕大多數(shù)人都會想到BLAST，但BLAST的使用確實又是一個很大的難題，因為他的功能比較強(qiáng)悍，里面涉及到的知識比較多，而且比對結(jié)束后輸出的結(jié)果參數(shù)（指標(biāo)）又很多。如果把BLAST的使用詳細(xì)的都講出來，我想我發(fā)帖發(fā)到明天也發(fā)不完，更何況我自己也不是完全懂得BLAST的使用。所以我在這里也就“畫龍點睛”——以比對核酸序列為例來給大家介紹一下BLAST的使用，也算是BLAST的入門課程吧。請大家好好體會，如果你用心看，在看帖完畢之后BLAST的基本使用（包括其他序列的比對）應(yīng)該沒有問題了。1．打開BLAS

2、T頁面，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/打開后如圖所示：對上面這個頁面進(jìn)行一下必要的介紹：BLAST的這個頁面主體部分（左面）包括了三部分：BLASTAssembledGenomes、BasicBLAST、SpecializedBLAST。相信大家可以看懂這三個短語的意思，我就不多說了；我要說的是，可以認(rèn)為這是三種序列比對的方法，或者說是BLAST的三條途徑。第一部分BLASTAssembledGenomes就是讓你選擇你要比對的物種，點擊相應(yīng)物種之后即可進(jìn)入比對頁面。第二部分BasicBLAST包含了5個常用的BLAST

3、，每一個都附有簡短的介紹。第三部分SpecializedBLAST是一些特殊目的的BLAST，如dart、GEO、IgBLAST、SNP等等，這個時候你就需要在SpecializedBLAST部分做出適當(dāng)?shù)倪x擇了?？傊?，這是一個導(dǎo)航頁面，它的目的是讓你根據(jù)自己的比對目的選擇相應(yīng)的BLAST途徑。下面以最基本的核酸序列比對來談一下BLAST的使用，期間我也會說一下其他序列比對的方法。2．點擊BasicBLAST部分的nucleotideblast鏈接到一個新的頁面。打開后如圖所示：介紹一下上述頁面：EnterQuerySequence部分是讓我們輸入序列的，你

4、可以直接把序列粘貼進(jìn)去，也可以上傳序列，還可以選擇你要比對的序列的范圍（留空就代表要比對你要輸入的整個序列）。JobTitle部分還可以為本次工作命一個名字。ChooseSearchSet部分是讓我們選擇要與目的序列比對的物種或序列種類（genomeDNA、mRNA等等）。如果是人或小鼠的話，就可以直接選擇了如果是其他物種就要選擇“others”了，這時候網(wǎng)頁會主動跳出一個下拉對話框和一個輸入式對話框，你可以分別選擇和輸入要跟你的序列比對的序列種類和物種。下面的EntrezQuery可以對比對結(jié)果進(jìn)行適當(dāng)?shù)南拗?。ProgramSelection部分其實是讓我

5、們選擇本次比對的精確度，種內(nèi)種間等等。在BLAST按鈕下面有一個“Algorithmparameters”，這是參數(shù)設(shè)置選項，一般用戶使用不到此項，所以它比較隱蔽，點擊，原網(wǎng)頁下方即可增加了Algorithmparameters的內(nèi)容。大部分人都用不到更改這里面的選項，我也不多說了，有興趣的朋友可以自己研究一下。1．依次填寫上述網(wǎng)頁必須部分，點擊BLAST按鈕后，出現(xiàn)如下界面（只截取其中二部分）：出現(xiàn)的這個結(jié)果頁面信息含量非常大，如果我們用心觀察，還是可以發(fā)現(xiàn)其中的一些主要指標(biāo)的。列舉上圖也是為了給大家展示一下這些評價標(biāo)準(zhǔn)。其中Description部分推薦

6、大家詳細(xì)看一下，另外說一下“Evalue”這個指標(biāo)與其他指標(biāo)不同，它的數(shù)值越小相似程度越高，其他幾個（如Totlescore）都是數(shù)值越高相似度越高。注意：除可以比對設(shè)計的引物序列，還可以比對蛋白質(zhì)的氨基酸序列，即從未知蛋白質(zhì)的氨基酸序列找到相當(dāng)?shù)牡鞍踪|(zhì)。。。。。。。。輸出結(jié)果分四部分：1、第一部分：Accession為數(shù)據(jù)庫名稱，配對序列存取號，基因位點名稱。2、第二部分：Description是對序列的簡單文字描敘和定義行。（包括序列來源、類型和一些功能或表型信息）。3、第三部分：序列的比對分值。4、第四部分：期望閾值E（E值越小越好）。