dna序列比對同源性分析圖解blast

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1、1、進入網頁：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/2、點擊Searchforshort,nearlyexactmatches3、在search欄中輸入引物系列：注：文獻報道ABCG2的引物為5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’（1）輸入方法可先輸入上游引物，進行blast程序，同樣方法在進行下游引物的blast程序。這種方法叫繁瑣，而且在結果分析特異性時要看能與上游引物的匹配的系列，還要看與下游引物匹配的系列——之后看兩者的交叉。（2）簡便的做法是同時輸

2、入上下游引物：有以下兩種方法。輸入上下游引物系列都從5’——3’。A、輸入上游引物空格輸入下游引物B、輸入上游引物回車輸入下游引物4、在optionsforadvancedblasting中：selectfrom欄通過菜單選擇HomosapiensExpect后面的數字改為105、在format中：selectfrom欄通過菜單選擇HomosapiensExpect后面的數字填上0106、點擊網頁中最下面的“BLAST！”7、出現新的網頁，點擊Format！8、等待若干秒之后，出現resultsofBLAST的網頁。該網頁用三種形式來顯示blast的結果

3、。（1）圖形格式：圖中①代表這些序列與上游引物匹配、并與下游引物互補的得分值都位于40～50分圖中②代表這些序列與上游引物匹配的得分值位于40～50分，而與下游引物不互補圖中③代表這些序列與下游引物互補的得分值小于40分，而與上游引物不匹配通過點擊相應的bar可以得到匹配情況的詳細信息。（2）結果信息概要：從左到右分別為：A、數據庫系列的身份證：點擊之后可以獲得該序列的信息B、系列的簡單描述C、高比值片段對（high-scoringsegmentpairs,HSP)的字符得分。按照得分的高低由大到小排列。得分的計算公式＝匹配的堿基×2＋0.1。舉例：如果

4、有20個堿基匹配，則其得分為40.1。D、E值：代表被比對的兩個序列不相關的可能性。。E值最低的最有意義，也就是說序列的相似性最大。設定的E值是我們限定的上限，E值太高的就不顯示了E、最后一欄有的有UEG的字樣，其中：U代表：Unigene數據庫E代表：GEOprofiles數據庫G代表：Gene數據庫（3）結果詳細信息：①圈出來的部分代表序列的信息②第一個大括號代表上游引物與該序列的正鏈的匹配情況：共有21個堿基匹配，得分42.1分，E值為0.020上游引物與序列的2143～2163位點匹配③第二個大括號代表下游引物與該序列的負鏈的匹配情況：共有20個

5、堿基匹配，得分40.1分，E值為0.077。下游引物與該序列的29360～29379位點互補注意點：①上游引物為20個堿基，為什么會變成21個堿基呢？這是因為下游引物的第一個堿基為T，剛好與系列的2163位點的T匹配，因此下游引物的開頭的第一個堿基被當成了上游引物了。同理，上游引物的最后一個堿基為G，被當成了下游引物了。通過尋找有沒有與1～20位點、20～40位點完全匹配的序列，就可以避免這個因素的干擾了。②為什么與上下游引物匹配的ABCG2序列有多種？A、為同一個基因來源的不同的mRNA片段B、為該基因的DNA系列C、為同一個基因來源的不同的cDNA片

6、段。結果判斷：①驗證文獻報道的引物是否正確：如果你可以在所顯示的結果中找出你的目的基因，一般說明你的引物正確性沒問題。如果你blast后沒有發(fā)現你的目的基因，或者分值很低，該引物就可能不適合用②檢測該對引物是否可與其它序列匹配，引起PCR的非特異性擴增。如果找到了你的目的基因名稱，而且找到了一大批同物種的不同基因，（上下游引物分別搜索到相同的基因），而且分數也較高。這時表明你的引物設計的特異性不高，極有可能在你的擴增產物中出現非特異性產物。