分子生物學(xué)常用軟件介紹

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1、目前，有很多軟件可以解決分子生物學(xué)研究人員從立項(xiàng)到最后寫論文的實(shí)際問(wèn)題。但由于軟件的數(shù)目太多，而且各個(gè)軟件開(kāi)發(fā)環(huán)境、運(yùn)行平臺(tái)和操作方法都各不相同——即使功能的某些方面是相似的，這就給使用者造成了許多的不便。賽百盛公司信息部在對(duì)相同作用的各類軟件進(jìn)行比較后，推薦一些最實(shí)用軟件給從事生物研究的工作人員?！　∫?、實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備階段這時(shí)一般要查一些與實(shí)驗(yàn)相關(guān)的文獻(xiàn),以便對(duì)自己所要做的課題的最新的進(jìn)展有一個(gè)基本的了解，從而確定自己的實(shí)驗(yàn)策略。推薦使用軟件：ReferenceManager9.0ReferenceManager9.0可以在線通過(guò)查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個(gè)Z3

2、9.50數(shù)據(jù)庫(kù)中的專業(yè)資料,同時(shí)保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個(gè)屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時(shí)敲鍵盤就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要?？梢灾苯釉赪ORD中查找資料，并插入引用。在文章中對(duì)引用的文獻(xiàn)可以格式化，引用的參考資料格式有很強(qiáng)的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對(duì)引用格式的要求，引用時(shí)不用多窗口切換?！　⊥愜浖篍ndnote3.1.2也是一個(gè)在線專業(yè)資料查找系統(tǒng),可以保存查找資料,并在文章中對(duì)引用格式化.　　　　二、實(shí)驗(yàn)實(shí)施階段隨著實(shí)驗(yàn)的進(jìn)行，就必須對(duì)實(shí)驗(yàn)過(guò)程中的DNA、RNA和蛋白質(zhì)的信息進(jìn)行各種處理，包括限制酶分析、引物設(shè)計(jì)、同源序列比較、質(zhì)

3、粒作圖、結(jié)構(gòu)域(motif)查找、RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析、三維結(jié)構(gòu)顯示等方面的內(nèi)容。1、綜合軟件推薦軟件：Omiga2.0實(shí)際上，大部分對(duì)核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強(qiáng)大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計(jì)的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列，分析序列組成。用Clustal.W進(jìn)行同源序列比較，發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實(shí)現(xiàn)了核酸序列與其互補(bǔ)鏈之間的轉(zhuǎn)化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標(biāo)準(zhǔn)翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制性酶切位點(diǎn)、基元（Motif）及開(kāi)放

4、閱讀框（ORF），設(shè)計(jì)并評(píng)估PCR、測(cè)序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點(diǎn)（ProteolyticSites）、基元、二級(jí)結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開(kāi)放閱讀框及蛋白位點(diǎn)等數(shù)據(jù)庫(kù)中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫(kù)中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)。可從MacVectorTM、WisconsinPackageTM等數(shù)據(jù)庫(kù)中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個(gè)很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對(duì)蛋白進(jìn)行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多

5、肽片段?！　⊥愜浖篋NASIS2.5DNASISforWindows2.5版是日立軟件公司（HitachiSofewareEngineeringCo.,Ltd.）97年推出的一個(gè)功能強(qiáng)大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進(jìn)行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進(jìn)行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫(kù)查詢等功能，足可滿足一般實(shí)驗(yàn)室的要求。在DOS時(shí)代，DNASIS7等版本便是流傳甚廣并曾給過(guò)許多人以幫助的分子生物學(xué)軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS會(huì)帶給我們驚喜。DNATools5.1與Omiga,DNAsis,PCgene等軟件屬于同一

6、類的綜合性軟件,操作簡(jiǎn)單功能多。DNATools設(shè)計(jì)的用戶友好、強(qiáng)壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫(kù)查詢獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開(kāi)作為序列。當(dāng)程序不能辨別序列的格式時(shí)（通過(guò)尋找常用序列格式的特征），會(huì)顯示這個(gè)文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時(shí)（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個(gè)項(xiàng)目中可以加入幾千個(gè)序列或引物，并在整個(gè)項(xiàng)目中分析這些序列及

7、標(biāo)題。這個(gè)程序的一個(gè)特點(diǎn)是給每個(gè)序列或引物添加文本標(biāo)題。這樣就可以用自定義的標(biāo)題識(shí)別序列，而不必通過(guò)它們的文件名。為避免丟失數(shù)據(jù)-和你的工作-DNATools包括幾個(gè)挽救丟失數(shù)據(jù)的功能：一個(gè)5層的撤銷/重復(fù)功能，重新獲得原始序列的恢復(fù)功能，項(xiàng)目中加入新文件時(shí)的安全備份功能，以及在一定的時(shí)間間隔作完全備份或備份你的工作。2、限制酶切位點(diǎn)分析這是分子生物學(xué)研究過(guò)程中最基本的操作，雖然可以通過(guò)文本編輯軟件來(lái)查找，但過(guò)程煩瑣（特別是序列長(zhǎng)而分析的酶切位點(diǎn)多時(shí)）。通過(guò)專門的限制酶分析軟件，不但方便，不易出錯(cuò)；而且輸出的格式多樣，滿足用戶的各種要求。推薦軟件：DNAssis