分子生物學(xué)常用軟件介紹.doc

《分子生物學(xué)常用軟件介紹.doc》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在應(yīng)用文檔-天天文庫。

1、目前，有很多軟件可以解決分子生物學(xué)研究人員從立項到最后寫論文的實際問題。但由于軟件的數(shù)目太多，而且各個軟件開發(fā)環(huán)境、運行平臺和操作方法都各不相同——即使功能的某些方面是相似的，這就給使用者造成了許多的不便。賽百盛公司信息部在對相同作用的各類軟件進行比較后，推薦一些最實用軟件給從事生物研究的工作人員?！　∫?、實驗準(zhǔn)備階段這時一般要查一些與實驗相關(guān)的文獻,以便對自己所要做的課題的最新的進展有一個基本的了解，從而確定自己的實驗策略。推薦使用軟件：ReferenceManager9.0ReferenceManager9.0可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和

2、609個Z39.50數(shù)據(jù)庫中的專業(yè)資料,同時保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時敲鍵盤就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要?？梢灾苯釉赪ORD中查找資料，并插入引用。在文章中對引用的文獻可以格式化，引用的參考資料格式有很強的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換?！　⊥愜浖篍ndnote3.1.2也是一個在線專業(yè)資料查找系統(tǒng),可以保存查找資料,并在文章中對引用格式化.　　　　二、實驗實施階段隨著實驗的進行，就必須對實驗過程中的DNA、RNA和蛋白質(zhì)的信息進行各種處理，包括限制酶分析、引

3、物設(shè)計、同源序列比較、質(zhì)粒作圖、結(jié)構(gòu)域(motif)查找、RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析、三維結(jié)構(gòu)顯示等方面的內(nèi)容。1、綜合軟件推薦軟件：Omiga2.0實際上，大部分對核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列，分析序列組成。用Clustal.W進行同源序列比較，發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實現(xiàn)了核酸序列與其互補鏈之間的轉(zhuǎn)化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標(biāo)準(zhǔn)翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制

4、性酶切位點、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設(shè)計并評估PCR、測序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點（ProteolyticSites）、基元、二級結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數(shù)據(jù)庫中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)?？蓮腗acVectorTM、WisconsinPackageTM等數(shù)據(jù)庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分

5、析的蛋白分析，對蛋白進行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段?！　⊥愜浖篋NASIS2.5DNASISforWindows2.5版是日立軟件公司（HitachiSofewareEngineeringCo.,Ltd.）97年推出的一個功能強大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫查詢等功能，足可滿足一般實驗室的要求。在DOS時代，DNASIS7等版本便是流傳甚廣并曾給過許多人以幫助的分子生物學(xué)軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS會帶給我們驚喜。DNATools

6、5.1與Omiga,DNAsis,PCgene等軟件屬于同一類的綜合性軟件,操作簡單功能多。DNATools設(shè)計的用戶友好、強壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫查詢獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當(dāng)程序不能辨別序列的格式時（通過尋找常用序列格式的特征），會顯示這個文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序

7、列）。在一個項目中可以加入幾千個序列或引物，并在整個項目中分析這些序列及標(biāo)題。這個程序的一個特點是給每個序列或引物添加文本標(biāo)題。這樣就可以用自定義的標(biāo)題識別序列，而不必通過它們的文件名。為避免丟失數(shù)據(jù)-和你的工作-DNATools包括幾個挽救丟失數(shù)據(jù)的功能：一個5層的撤銷/重復(fù)功能，重新獲得原始序列的恢復(fù)功能，項目中加入新文件時的安全備份功能，以及在一定的時間間隔作完全備份或備份你的工作。2、限制酶切位點分析這是分子生物學(xué)研究過程中最基本的操作，雖然可以通過文本編輯軟件來查找，但過程煩瑣（特別是序列長而分析的酶切位點多時）。通過專門的限制酶分析軟件，不但

8、方便，不易出錯；而且輸出的格式多樣，滿足用戶的各種要求。推薦軟件：DNAssis