傷寒沙門菌基因組dna芯片基因表達(dá)譜分析技術(shù)的建立與優(yōu)化

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1、傷寒沙門菌基因組DNA芯片基因表達(dá)譜分析技術(shù)的建立與優(yōu)化作者：生秀梅，黃新祥,徐順高，張海方，許化溪【摘要】　　目的：建立和優(yōu)化基于傷寒沙門菌全基因組DNA芯片的基因表達(dá)譜分析技術(shù)。方法：提取傷寒沙門菌野生z66陽性菌株總RNA，以6，9核苷酸隨機(jī)引物（N6、N9）和（或）基因組特異引物（GDP）反轉(zhuǎn)錄合成cDNA，用熒光素Cy5或Cy3直接摻入標(biāo)記后，與包括傷寒沙門菌4201個(gè)蛋白編碼基因的傷寒沙門菌全基因組芯片雜交，用芯片掃描儀掃描后獲得表達(dá)譜分析結(jié)果，經(jīng)過數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化處理后進(jìn)行分析。結(jié)果：采用N9+GDP混合引物，直接摻入法標(biāo)記時(shí)，既能獲得較好標(biāo)記效

2、果，又能節(jié)約試劑成本，同時(shí)可減少繁瑣步驟所引起的不必要失誤。結(jié)論：建立的基于傷寒沙門菌基因組DNA芯片的基因表達(dá)譜分析技術(shù)，為細(xì)菌的基因表達(dá)調(diào)控及功能基因組學(xué)研究提供了平臺?！娟P(guān)鍵詞】傷寒沙門菌；基因組；DNA芯片；基因表達(dá)譜　　［Abstract］Objective:TodevelopandoptimizetheSalmonellaentericaserovarTyphigenomicDNAmicroarraybasedgeneexpressionprofiling.Methods：TotalRNAofthez66positivewildstrai

3、nsofSalmonellaentericaserovarThypiwas20extractedandreversetranscribedtocDNAwithrandomhexaoligonucleotideprimers(N6)，nonaoligonucleotideprimers(N9)andgenomedirectedprimers(GDP).Duringreversetranscription,cDNAwaslabeledwithCy3dyeorCy5dyedirectly.Thelabeledprobeswerepurifieda

4、ndhybridizedtoagenomicDNAmicroarrayscontaining4201ORFofS.entericaserovarTyphi.TheimageswereobtainedbyalaserscannerwithtwochannelsandthedigitaldatawereanalyzedbytheAcuity4.0software.Results：UsingN9+GDPprimersanddirectlabelingmethodscouldnotonlyobtaintheexcellentexpressionprofiling

5、results,butalsocutdownthecostofthereagentandavoidtheerrorscausedbythemultiplesteps.Conclusion：TheSalmonellaentericaserovarThypigenomicDNAmicroarraybasedgeneexpressionprofilingwasdeveloped,whichprovidesaplatformforgenetranscriptionalregulationandfunctionalgenomicsstudies.　?。跭eywo

6、rds］SalmonellaentericaserovarTyphi;genomicDNAmicroarrays;geneexpressionprofiling20　　DNA芯片技術(shù)是20世紀(jì)90年代發(fā)展起來的一項(xiàng)新穎的分子生物學(xué)技術(shù)［1］，是各學(xué)科交叉綜合發(fā)展的產(chǎn)物。它以高通量、集約化、大規(guī)模、快速平行化等特點(diǎn)，極大地簡化和縮短了實(shí)驗(yàn)研究進(jìn)程，目前主要應(yīng)用于細(xì)胞周期、脅迫應(yīng)答、基因表達(dá)調(diào)控、基因分型、推測操縱子結(jié)構(gòu)、鑒定毒力因子和遺傳藥理學(xué)研究等方面［2-6］。其中DNA芯片表達(dá)譜分析技術(shù)是功能基因組研究的熱點(diǎn)技術(shù)之一［2］。已有很多關(guān)于DNA芯片基因

7、表達(dá)譜研究的報(bào)道，但多集中于真核生物，這是由于真核生物mRNA具有polyA尾，易于獲得。原核生物的基因表達(dá)譜研究也有報(bào)道，但因其mRNA無poly(A)序列等基本特征，只能通過提取總RNA的方式進(jìn)行相關(guān)實(shí)驗(yàn)，所以至今沒有一個(gè)統(tǒng)一的操作方法?！　∩抽T菌屬（Salmonella）屬于腸桿菌科（Enterobacteriaceae），是研究最為廣泛和深入的原核生物之一，其基因組結(jié)構(gòu)及近60%的基因功能已被闡明，目前已成為一種重要的原核生物基因表達(dá)與信息調(diào)控研究的模式菌［7,8］。本實(shí)驗(yàn)室在傷寒沙門菌現(xiàn)有的全基因組序列已知的基礎(chǔ)上成功制備了傷寒沙門菌全基因組D

8、NA芯片［9］。本研究將利用此平臺建立和優(yōu)化細(xì)菌DNA芯片基因表達(dá)譜技術(shù)。20