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1、文摘型數據庫PubMed檢索方法與技巧主要內容PubMed簡介——是什么?PubMed特色服務——能干什么?PubMed檢索方法——怎么用?其他輔助功能創(chuàng)建機構:美國國家醫(yī)學圖書館下設的美國生物技術信息中心(NCBI)1996年1月開始向全球開放特色:免費、收錄廣、內容全、檢索途徑多、檢索體系完備、文摘庫,部分文獻還可在網上直接免費獲得全文。http://pubmed.govPubMed簡介——是什么?NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation,美國國立生物技術信息中心)目前國際上幾個重要分子生
2、物信息網站之一成立的原因:已故的參議院議員ClaudePepper發(fā)現(xiàn)計算信息處理方法對生物醫(yī)學研究的重要性1988年11月4日成立是NationalInstitutesofHealth(NIH美國國立衛(wèi)生研究院)底下的NationalLibraryofMedicine(NLM美國國立醫(yī)學圖書館)的部門之一NIH目前是全世界最大的生物醫(yī)學研究單位。PubMed簡介——是什么?NCBI目前提供的生物信息資源主要分為生物數據庫生物信息工具PubMed簡介——是什么?生物數據庫永久數據的大的組織體結合計算機軟件執(zhí)行更新、查詢與存取數據的功能。容易取得
3、信息并且只取得回答特殊生物問題的信息Entrez:NCBI的數據庫搜尋與存取系統(tǒng),可用來獲取單一數據庫或許多數據庫的整合數據。目前,NCBI提供的公開(OpenAccess)數據庫包括如下:PubMed簡介——是什么?PubMed簡介——是什么?NCBI目前提供的生物信息資源主要分為生物數據庫生物信息工具PubMed簡介——是什么?Entrez一個整合的訪問序列,定位,分類和結構數據的搜索和檢索系統(tǒng)。整合的數據庫包括核酸序列,蛋白序列,大分子結構,全基因組,和通過PubMed檢索的MEDLINE??梢詸z索相關的序列,結構和參考文獻。BLAST序
4、列相似搜索程序,還可作為鑒別基因和遺傳特點的手段。在小于15秒的時間內對整個DNA數據庫執(zhí)行序列搜索。附加軟件工具開放閱讀框尋覓器(ORFFinder),電子PCR,序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI數據庫和軟件工具可以從HTTP或FTP來獲得。PubMed簡介——是什么?Entrez可以檢索的數據庫:Books出版社提供之數字生醫(yī)圖書與醫(yī)生參考書籍數據庫CancerChromosomes美國國立癌癥研究所的MitelmanDatabaseofChromosomeAberrationsinCancer數據庫里已經整合好的cy
5、togenetic、臨床與文獻相關數據ConservedDomainDatabase(CDD),蛋白質功能區(qū)塊保留序列數據庫3DDomains,蛋白質功能區(qū)塊立體結構數據Gene,包含許多物種的基因數據庫Genome,包含超過800種物種的基因組數據庫GENSAT,小鼠中樞神經系統(tǒng)基因表現(xiàn)圖譜GEODatasets,基因表現(xiàn)實驗與生物芯片數值結果數據GEOProfiles,基因表現(xiàn)圖譜HomoloGene,同源基因批注數據庫Journals,期刊文獻(包含PubMed)MeSH,醫(yī)學主題詞數據庫NCBIWebSite,所有NCBI網頁NLMCa
6、talog,美國國立醫(yī)學圖書館館藏書目、期刊、視聽數據目錄Nucleotidesequencedatabase,核酸序列數據庫(包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列數據庫)PubMed簡介——是什么?OnlineMendelianInheritanceinMan(OMIM),人類遺傳疾病相關文獻數據庫PopSet,族群演化分析相關研究資料Proteinsequencedatabase,蛋白質序列數據庫(包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等數據庫與從GenBank、RefSeq核酸序列轉譯之蛋白質序列資料)PubChe
7、mBioAssay,化學成分之生物活性篩選資料PubChemCompound,小分子化學物質結構PubChemSubstance,具生物活性之化學物質篩選數據PubMed,科學文獻報導數據庫PubMedCentral,科學文獻數字全文數據庫SiteSearch,可搜尋NCBI的網頁與FTPSNP,單點核酸多樣性數據庫(dbSNP)Structure,分子模型數據(MMDB)Taxonomy,以核酸或蛋白質為基礎的分類學信息UniGene,人類unique基因序列數據庫UniSTS,unique序列卷標地址數據庫Entrez可以檢索的數據庫:Pu
8、bMed簡介——是什么?http://www.medlive.cn/pubmed/pubmed_search.jsp(漢化)要注冊賬號英文檢索新版Pu