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1、差異共表達分析DCGL宣傳畫冊目前，對基因的表達數(shù)據(jù)分析方法眾多，常規(guī)的如差異表達基因?qū)Ρ?、聚類等，但越來越多的研究認為只是尋找在不同條件下表達量有顯著差異的基因并不能準確地反映出基因間的共同作用關(guān)系，而找出一組在不同狀態(tài)下基因間表達譜有相同性質(zhì)、共同協(xié)作的基因群更能核心的反映出不同條件下基因間的相互作用關(guān)系，即差異共表達基因。分析差異共表達基因的工具也各有千秋，我運用了R語言中分析差異共表達網(wǎng)絡的數(shù)據(jù)包DCGL進行差異共表達分析。通過對疾病芯片數(shù)據(jù)的預處理及綜合整理，利用R軟件的DCGL包對數(shù)據(jù)進行計算，得到差異共表達基因（DCGs）和差異共表達關(guān)系（DCLs）數(shù)據(jù)（圖2）。然后，我們對這
2、些數(shù)據(jù)分別進行生物信息學分析。主要的分析方法有：差異共表達基因的功能富集分析（圖1）、差異共表達關(guān)系與已知轉(zhuǎn)錄調(diào)控關(guān)系的overlap分析（表1）、構(gòu)建差異共表達調(diào)控網(wǎng)絡分析及疾病重要潛在基因的分析（圖3）等等。本流程中涉及的軟件或者工具有：R軟件、Perl、DAVID工具、cytoscape軟件等；涉及的數(shù)據(jù)庫有：NCBIGEO、TRANSFAC、KEGGPATHWAY等；涉及的R語言包有：Affy、limma、DCGL等。本流程可以分析的內(nèi)容包括：1._____________________________________________________________________
3、___上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包4000-331-887疾病：例如各種癌癥，例如肝癌、胃癌、肺癌、乳腺癌等等；皮膚科疾??；兒科疾?。幌萍膊?；心血管腦血管疾??；眼科疾病等等。1.藥物處理：例如某種藥物處理樣本前后分析。2.其他方向：部分植物病變等。DCGL分析流程圖________________________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包4000-331-887圖1差異共表達基因（DCGs）的顯著性代
4、謝通路。橫坐標代表富集的基因個數(shù)，縱坐標代表代謝通路的名稱。表1DCLs中包含的已知的轉(zhuǎn)錄調(diào)控關(guān)系TFTargetcor.1cor.2cor.diffFLI1CDKN1A-0.5931016120.7010606231.294162235ETS2PLAU7.12E-01-0.5134132111.225511357HIF1ANR4A10.79000137-0.4326707771.222672148PPARGATP2A20.448097377-0.7213086571.169406033LEF1VIM0.484138641-0.6056842981.089822939____________
5、____________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包4000-331-887ETS2JUNB0.735807964-0.3374065321.073214496ETV4VIM0.485632699-0.4912088150.976841514JUNDPLAU6.27E-010.0381429720.588792142ETS2MMP90.6195963430.052900160.566696183VDRCDKN1A0.4977624620.0343281
6、930.463434268注：TF指轉(zhuǎn)錄因子，Target指Targetgene，cor.1,cor2分別代表TF和Gene的最大絕對相關(guān)系數(shù)（maxabsolutecorrelation）。cor.diff指cor.1與cor.2差的絕對值。________________________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包4000-331-887圖2.差異共表達基因的最大絕對相關(guān)系數(shù)與相關(guān)系數(shù)比率關(guān)系散點圖圖3轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡圖。圖中菱形代表TF，圓形代表Ta
7、rgetgene，黃點代表差異共表達基因，粉點代表非差異共表達基因，紅邊代表DCLs中包含的3個關(guān)系對，黑邊代表已知的轉(zhuǎn)錄調(diào)控關(guān)系對________________________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包4000-331-887參考文獻：1.Lee,H.K.,eta
