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1、ChIP-seq技術及數據分析宣傳畫冊一、ChIP-seq技術概覽ChIP-seq技術是一種以研究蛋白質與染色體DNA的相互作用為主要目的的高通量數據分析手段，其實驗部分主要包含染色質免疫共沉淀（ChIP）樣本制備和深度測序（DeepSequencing）兩個部分。1、ChIP實驗基本步驟（1）甲醛交聯整個細胞系（組織），即將目標蛋白與染色質連結起來；（2）分離基因組DNA，并用超聲波將其打斷成一定長度的小片段；（3）添加特異性識別目標蛋白質的抗體，該抗體與目標蛋白形成免疫沉淀免疫結合復合體；（4）去交聯，純化DNA即得到染色質免疫沉淀的DNA樣本，準備測序。_
2、_______________________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包4000-331-8872、深度測序當我們準備好片段化的DNA樣本后，需要通過專業(yè)的高通量reads測序儀進行堿基讀取的步驟。之后把這些reads回貼到參考染色體序列上從而間接確定蛋白因子在染色體上的位置分布以及每個結合位點上蛋白因子的結合強度。二、ChIP-seq數據的生物信息學分析流程展示ChIP-seq數據的生物信息學分析步驟包括：測序飽和度估
3、計、測序后reads的質控和篩選、cleanreads比對、蛋白因子結合位點檢測、結合位點周圍候選靶基因注釋、樣本組間數據比較和差異結合位點的確定、特定基因的功能富集分析、個性化下游分析。________________________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包4000-331-887三、應用領域_______________________________________________________________
4、_________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包4000-331-887四、ChIP-seq數據分析在醫(yī)學研究中的應用通過對ChIP-seq數據進行系統(tǒng)化的生物信息學分析，我們能夠獲得如下結果：1、通過檢測疾病相關轉錄調控原件確定該轉錄調控原件的下游靶基因集合或觀察病灶部位內部的表觀遺傳狀態(tài)異常；2________________________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包400
5、0-331-887、比較疾病樣本和正常樣本中轉錄調控原件在染色體上結合位置的差異，選取疾病特異性的轉錄調控原件結合位點，觀察這些位點周圍的基因，縮小候選研究基因范圍；3、結合基因表達譜數據和GSEA分析技術判斷轉錄調控原件對下游靶基因的調控方向（激活基因表達為正調控，抑制基因表達為負調控）；4、通過檢測轉錄調控原件結合位點周圍的基序特征（Motif），預測與該轉錄調控原件發(fā)生共定位的潛在轉錄因子，通過數據挖掘嘗試找出其他與疾病發(fā)生相關的調控基因；___________________________________________________________
6、_____________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請，實驗外包4000-331-8875、基于GeneOntology和基因功能分類知識庫，幫助我們了解候選研究基因和共調控因子的具體功能，從而了解目標轉錄調控原件在疾病發(fā)生過程中所起的生物學作用，幫助我們認識疾病發(fā)生過程的分子機制。四、參考文獻1、FureyTetal.ChIP–seqandbeyond:newandimprovedmethodologiestodetectandcharacterizeprotein–DNAinteractions.Nature(2012)v
7、ol.13(12)pp.840-8522、YuJetal.AnIntegratedNetworkofAndrogenReceptor,Polycomb,andTMPRSS2-ERGGeneFusionsinProstateCancerProgression.CellCancerCell(2010)vol.17(5)pp.443-4543、WelborenWetal.ChIP-SeqofERαandRNApolymeraseIIdefinesgenesdifferentiallyrespondingtoligands.EMBOJournal(2009)vol.28
8、(10)pp.1418-
