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1、ChIP-seq技術(shù)及數(shù)據(jù)分析宣傳畫(huà)冊(cè)一、ChIP-seq技術(shù)概覽ChIP-seq技術(shù)是一種以研究蛋白質(zhì)與染色體DNA的相互作用為主要目的的高通量數(shù)據(jù)分析手段，其實(shí)驗(yàn)部分主要包含染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）樣本制備和深度測(cè)序（DeepSequencing）兩個(gè)部分。1、ChIP實(shí)驗(yàn)基本步驟（1）甲醛交聯(lián)整個(gè)細(xì)胞系（組織），即將目標(biāo)蛋白與染色質(zhì)連結(jié)起來(lái)；（2）分離基因組DNA，并用超聲波將其打斷成一定長(zhǎng)度的小片段；（3）添加特異性識(shí)別目標(biāo)蛋白質(zhì)的抗體，該抗體與目標(biāo)蛋白形成免疫沉淀免疫結(jié)合復(fù)合體；（4）去交聯(lián)，純化DNA即得到染色質(zhì)免疫沉淀的DNA樣本，準(zhǔn)備測(cè)序。_
2、_______________________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請(qǐng)，實(shí)驗(yàn)外包4000-331-8872、深度測(cè)序當(dāng)我們準(zhǔn)備好片段化的DNA樣本后，需要通過(guò)專(zhuān)業(yè)的高通量reads測(cè)序儀進(jìn)行堿基讀取的步驟。之后把這些reads回貼到參考染色體序列上從而間接確定蛋白因子在染色體上的位置分布以及每個(gè)結(jié)合位點(diǎn)上蛋白因子的結(jié)合強(qiáng)度。二、ChIP-seq數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析流程展示ChIP-seq數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析步驟包括：測(cè)序飽和度估
3、計(jì)、測(cè)序后reads的質(zhì)控和篩選、cleanreads比對(duì)、蛋白因子結(jié)合位點(diǎn)檢測(cè)、結(jié)合位點(diǎn)周?chē)蜻x靶基因注釋、樣本組間數(shù)據(jù)比較和差異結(jié)合位點(diǎn)的確定、特定基因的功能富集分析、個(gè)性化下游分析。________________________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請(qǐng)，實(shí)驗(yàn)外包4000-331-887三、應(yīng)用領(lǐng)域_______________________________________________________________
4、_________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請(qǐng)，實(shí)驗(yàn)外包4000-331-887四、ChIP-seq數(shù)據(jù)分析在醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用通過(guò)對(duì)ChIP-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)化的生物信息學(xué)分析，我們能夠獲得如下結(jié)果：1、通過(guò)檢測(cè)疾病相關(guān)轉(zhuǎn)錄調(diào)控原件確定該轉(zhuǎn)錄調(diào)控原件的下游靶基因集合或觀察病灶部位內(nèi)部的表觀遺傳狀態(tài)異常；2________________________________________________________________________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請(qǐng)，實(shí)驗(yàn)外包400
5、0-331-887、比較疾病樣本和正常樣本中轉(zhuǎn)錄調(diào)控原件在染色體上結(jié)合位置的差異，選取疾病特異性的轉(zhuǎn)錄調(diào)控原件結(jié)合位點(diǎn)，觀察這些位點(diǎn)周?chē)幕?，縮小候選研究基因范圍；3、結(jié)合基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)和GSEA分析技術(shù)判斷轉(zhuǎn)錄調(diào)控原件對(duì)下游靶基因的調(diào)控方向（激活基因表達(dá)為正調(diào)控，抑制基因表達(dá)為負(fù)調(diào)控）；4、通過(guò)檢測(cè)轉(zhuǎn)錄調(diào)控原件結(jié)合位點(diǎn)周?chē)幕蛱卣鳎∕otif），預(yù)測(cè)與該轉(zhuǎn)錄調(diào)控原件發(fā)生共定位的潛在轉(zhuǎn)錄因子，通過(guò)數(shù)據(jù)挖掘嘗試找出其他與疾病發(fā)生相關(guān)的調(diào)控基因；___________________________________________________________
6、_____________上海豐核www.microsci.comSCI論文發(fā)表，基金申請(qǐng)，實(shí)驗(yàn)外包4000-331-8875、基于GeneOntology和基因功能分類(lèi)知識(shí)庫(kù)，幫助我們了解候選研究基因和共調(diào)控因子的具體功能，從而了解目標(biāo)轉(zhuǎn)錄調(diào)控原件在疾病發(fā)生過(guò)程中所起的生物學(xué)作用，幫助我們認(rèn)識(shí)疾病發(fā)生過(guò)程的分子機(jī)制。四、參考文獻(xiàn)1、FureyTetal.ChIP–seqandbeyond:newandimprovedmethodologiestodetectandcharacterizeprotein–DNAinteractions.Nature(2012)v
7、ol.13(12)pp.840-8522、YuJetal.AnIntegratedNetworkofAndrogenReceptor,Polycomb,andTMPRSS2-ERGGeneFusionsinProstateCancerProgression.CellCancerCell(2010)vol.17(5)pp.443-4543、WelborenWetal.ChIP-SeqofERαandRNApolymeraseIIdefinesgenesdifferentiallyrespondingtoligands.EMBOJournal(2009)vol.28
8、(10)pp.1418-
