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《基于rna-seq的絨山羊皮膚行囊轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)組裝和分析》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學術(shù)論文-天天文庫。
1、內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學研究生學位論文獨創(chuàng)聲明本人申明所呈交的學位論文是我本人在導師指導下進行的研究工作及取得的研究成果。據(jù)我所知，除了文中特別加以標注和致謝的地方外，論文中不包括其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果，也不包括為獲得我?；蚱渌逃龣C構(gòu)的學位或證書而使用過的材料，與我一同工作的同志對本研究所做的任何貢獻均已在論文中作了明確的說明并表示謝意。申請學位論文與資料若有不實之處，本人承擔一切相關(guān)責任。，、一幽論文作者簽名：燃日期：逸螂／日內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學研究生學位論文版權(quán)使用授權(quán)書本人完全了解內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學有關(guān)保護知識產(chǎn)權(quán)的規(guī)定，即：研究生在攻讀學位期間論文工
2、作的知識產(chǎn)權(quán)單位屬內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學。本人保證畢業(yè)離校后，發(fā)表論文或使用論文工作成果時署名單位為內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學，且導師為通訊作者，通訊作者單位亦署名為內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學。學校有權(quán)保留并向國家有關(guān)部門或機構(gòu)送交論文的復印件和電子文檔，允許論文被查閱和借閱。學校可以公布學位論文的全部或部分內(nèi)容(保密內(nèi)容除外)，采用影印、縮印或其他手段保存論文。論文作者簽名：指導教師簽名：日摘要絨山羊絨毛生長發(fā)育模式非常復雜，受基因和環(huán)境共同調(diào)控。生長因子及其受體作為體內(nèi)分泌協(xié)調(diào)基因和環(huán)境的重要環(huán)節(jié)，對絨毛的生長調(diào)控起著極其重要的作用，多種因子共同構(gòu)成了毛囊發(fā)育和周期性生長的復雜
3、網(wǎng)絡(luò)，目前還無法明確其中具有關(guān)鍵性的作用的網(wǎng)絡(luò)和網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵因子。隨著大規(guī)模測序技術(shù)特別是轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的發(fā)展，使得批量獲得大量數(shù)據(jù)成為可能，特別是目前在已經(jīng)擁有山羊基因組參考序列的情況下，我們可以把轉(zhuǎn)錄本映射回基因組，確定轉(zhuǎn)錄本位置、剪切情況等較為全面的遺傳信息，本研究以6只來自于內(nèi)蒙古白絨山羊阿爾巴斯型個體RNA-seq測序數(shù)據(jù)為研究對象，通過生物信息學方法對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行了分析，得到以下主要結(jié)論：1、質(zhì)控檢測結(jié)果表明前續(xù)試驗所測得6個樣本轉(zhuǎn)錄組序列結(jié)果均合格，可用于后續(xù)生物信息學分析，篩選共得到617個在初級毛囊和次級毛囊中差異表達的基因，其中
4、，上調(diào)表達基因297個，下調(diào)表達基因320個。2、G0分析表明上調(diào)表達基因主要行使：電子傳遞鏈、呼吸鏈電子傳遞、線粒體電子傳遞、基因表達、RNA代謝、小分子代謝過程、T細胞分化、翻譯、mRNA剪切、細胞運輸?shù)壬飳W功能；下調(diào)表達基因主要行使：細胞自我吞噬、蛋白質(zhì)復性、中性粒細胞聚集、細菌防御反應(yīng)、真菌防御反應(yīng)、中性粒細胞趨化性、精氨酸分解代謝過程、自噬泡組件裝配、炎癥反應(yīng)過程中自細胞遷移、肥大細胞活化等生物學功能。3、KEGG分析表明上調(diào)基因主要參與：帕金森氏病、底物磷酸化、亨廷頓舞蹈病、阿爾茨海默病、剪切、代謝途徑、半胱氨酸和蛋氨酸代謝、嘧啶代謝、
5、減數(shù)分裂、心肌收縮等信號通路；下調(diào)基因主要參與：亨廷頓舞蹈病、帕金森氏病、底物磷酸化、阿爾茨海默病、剪切、趨化性細胞因子信號通路、醚脂類代謝、泛素介導的蛋白水解作用、VEGF信號通路、不飽和脂肪酸的生物合成等信號通路。4、共表達能力最強的10個基因分別為：PAIP2、C1lorflO、NDUFCl、goat—GLEAN一10009932、goat_GLEAN_10009933、goat—GI。EAN一10009934、TNNCl、TOMM7、BAG2、PCP41．】。關(guān)鍵詞：絨山羊；毛囊；轉(zhuǎn)錄組；RNA—seqAssemblyandAnalysiso
6、fHairFollicleTranscriptomeDefinedbyRNA-SeqinCashmereGoatAbStractThegrowthanddevelopmentmodelofcashmerewoolisverycomplicated，whichisregulatedbothbygenesandenvironment．Astheimportantpartofcoordinationendocrineofgeneswithenvironment，thegrowthfactoranditsreceptorplaysaveryimportant
7、roleinthegrowthregulationfollicleofthecashmere．Acomplexnetworkoffolliculardevelopmentandcyclicalgrowthconsistsofavarietyoffactorstogether．Thekeyfunctionofthenetworkandthekeyfactorcannotbeclearnow．Withthedevelopmentoflarge：scalesequencingtechnology，especiallyinthecase'currentiyw
8、ithagoatgenomereferencesequence，whichmakesitpossibleto
