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《白樺EST_SSR信息分析與標(biāo)記的開(kāi)發(fā)》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫(kù)。
1、第44卷第2期林業(yè)科學(xué)Vol144,No122008年2月SCIENTIASILVAESINICAEFeb.,20083白樺EST2SSR信息分析與標(biāo)記的開(kāi)發(fā)王艷敏魏志剛楊傳平(東北林業(yè)大學(xué)林木遺傳育種與生物技術(shù)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室哈爾濱150040)摘要:對(duì)NCBI(美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心)中2548條歐洲白樺ESTs的序列進(jìn)行分析,結(jié)果表明:其中260條ESTs中含有306個(gè)SSRs,為全部ESTs序列的1012%,SSR頻率為12101%。其中,二核苷酸重復(fù)比例為81137%,三核苷酸重復(fù)比例為1
2、6167%,四核苷酸重復(fù)比例為1196%。不同軟件設(shè)計(jì)引物的效率不同,Primer3設(shè)計(jì)出176對(duì)SSR引物,在白樺中擴(kuò)增成功的引物比例為59109%,而具有多態(tài)性的引物比例僅為25196%;SSRPrimer設(shè)計(jì)出100對(duì)引物,在白樺中擴(kuò)增成功的引物比例為37%,而具有多態(tài)性的引物比例為48165%。關(guān)鍵詞:歐洲白樺;白樺;EST;SSR;標(biāo)記中圖分類(lèi)號(hào):S718146文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A文章編號(hào):1001-7488(2008)02-0078-07DataMiningforSSRsinESTsandEST
3、2SSRMarkerDevelopmentinBetulaplatyphyllaWangYanminWeiZhigangYangChuanping(KeyLaboratoryofForestTreeGeneticImprovementandBiotechnologyofMinistryofEducationNortheastForestryUniversityHarbin150040)Abstract:Throughthesequenceanalysisof2548ESTsinBetulapendul
4、adepositedinNCBI,wefoundthat306SSRsweredistributedin260ESTsoutof2548ESTssequences,accountingfor1012%ofthewholeESTsequences.ThefrequencyofSSRwas12101%,inwhich,therepetitiveproportionsofdinucleotide,trinucleotide,andtetranucleotidewere81137%,16167%,and119
5、6%,respectively.Moreover,theefficiencyofprimerdesignwithvarioussoftwareswasdifferent.Thesoftware,Primer3,designed176pairsofSSRprimers,theproportionofprimers,whichweresuccessfullyusedforamplifyingDNAfragmentsofB.platyphylla,was59109%,andtheproportionofpr
6、imersthatproducedpolymorphicfragmentswas25196%.Thesoftware,SSRprimer,designed100pairsofprimers,theproportionofprimers,whichweresuccessfullyusedforamplifyingDNAfragmentsofB.platyphylla,was37%,andtheproportionofprimersproducingpolymorphicfragmentswas48165
7、%.Keywords:Betulapendula;Betulaplatyphylla;EST;SSR;marker傳統(tǒng)基因組來(lái)源的SSR開(kāi)發(fā)需要基因組文庫(kù)構(gòu)建、探針雜交和克隆測(cè)序等繁雜的操作程序,這不僅費(fèi)時(shí)、費(fèi)力,而且開(kāi)發(fā)成本很高,極大地制約了其發(fā)展和應(yīng)用(Kotaetal.,2001)。隨著功能基因組學(xué)的迅速發(fā)展,GenBank(基因序列數(shù)據(jù)庫(kù))中積累了許多重要物種的大量ESTs(expressed2squencetags)序列,這些序列已經(jīng)成為發(fā)展SSR標(biāo)記(EST2SSR)的重要資源。與來(lái)自基因
8、組中隨機(jī)分布的SSR標(biāo)記相比,基于EST開(kāi)發(fā)的SSR標(biāo)記位于基因的轉(zhuǎn)錄部分,反映了基因的編碼部分,可以直接獲得基因表達(dá)的信息,因而與功能基因緊密連鎖,而且它在近緣物種間具有高度的可轉(zhuǎn)移性和通用性。目前,EST2SSR的開(kāi)發(fā)在農(nóng)作物中應(yīng)用廣泛,在甘蔗(Saccharumofficenarum)(Cordeiroetal.,2001)、小麥(Triticumaestivum)(Eujayletal.,2002;Guptaetal.,2003;Gaoetal.
