海蓬子屬植物est序列的ssr信息分析與標(biāo)記開發(fā)

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1、江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(JiangsuofSci．)，2013，29(6)：1271～1277http：／／www．JsnYXb．conl271黃益洪，張強(qiáng)，張大勇，等．海蓬子屬植物EST序列的SSR信息分析與標(biāo)記開發(fā)[J]．江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報，2013，29(6)：1271．1277doi：10．3969／j．issn．1000-4440．2013．06．015海蓬子屬植物EST序列的SSR信息分析與標(biāo)記開發(fā)黃益洪，張強(qiáng)，張大勇，徐照龍，許玲，劉曉慶，何曉蘭，馬鴻翔(1．江蘇省農(nóng)業(yè)生物學(xué)重點實驗室，江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)生物技術(shù)研究所，江蘇南京210014；2．南京曉莊學(xué)

2、院，江蘇南京211171)摘要：為明確海蓬子EST序列中SSR的總體特征，開發(fā)海蓬子EST．SSR引物，從NCBI網(wǎng)站下載海蓬子及其近緣植物EST序列，利用Crossmatch等軟件過濾掉載體序列、polyA／T和過短或過長的低質(zhì)量序列，經(jīng)CAP3軟件拼接后獲得非冗余EST，然后用在線軟件SSRIT從這些序列中查找SSR，采用primer5．0軟件設(shè)計SSR引物，并進(jìn)行PCR擴(kuò)增，對引物適用性進(jìn)行評價。結(jié)果表明，截止2013年5月，NCBI數(shù)據(jù)庫共有海蓬子相關(guān)EST序列1439條，經(jīng)軟件處理后獲得無冗余EST序列1139條，總長542084bp，從這些序列

3、中搜索到210個SSR，分布于167條EST中，出現(xiàn)頻率為14．66％。SSR平均分布距離為2．58kb，平均長度為14．56bp；三核苷酸重復(fù)是主導(dǎo)類型，占EST—SSRs總數(shù)的40．95％，其次為四核苷酸和五核苷酸重復(fù)，分別占29．52％和13．33％；二核苷酸占11．90％，六核苷酸最少，僅占4．29％。在所有類型的重復(fù)基元中，ACT／AGT類型最多，占10．95％，其次為AAT／ArITI'和ACG／CGT，分別占8．10％和6．67％。隨機(jī)挑選了30個SSR位點，根據(jù)其兩側(cè)保守序列，設(shè)計并合成了相應(yīng)的EST—SSR引物，對海蓬子DNA進(jìn)行PCR檢

4、測分析，結(jié)果有14對引物獲得了清晰的條帶，進(jìn)一步將其中的5對引物對10個樣本小群體進(jìn)行了驗證，結(jié)果顯示有較好的多態(tài)性。該研究結(jié)果表明海蓬子EST序列中含有高頻率的SSR位點，EST-SSR標(biāo)記開發(fā)效率較高，為進(jìn)一步開展海蓬子分子標(biāo)記研究提供了一批適用的EST-SSR引物。關(guān)鍵詞：海蓬子屬；EST；SSR分析；標(biāo)記開發(fā)中圖分類號：Q78文獻(xiàn)標(biāo)識碼：A文章編號：1000-4440(2013)06—1271-07CharacteristicsofSSRsderivedmESTsanddevelopmentofEST-SSRmarkersinSalicorniap

5、lantsHUANGYi—hong，ZHANGQiang'，ZHANGDayong，XUZhao．1ong，XULing，LIUXiao-qing，HEXiao．1an，MAHong．xiang(1．ProvincialKeyLaboratoryofAgrobiology，InstituteofAgro-biotechnology，JiangsuAcademyofAgriculturalSciences，Nanjing210014，China；2．Nan·ringXiaozhuangUniversity，Nanjing211171，China)Abstra

6、ct：ToanalyzethecharacteristicsofSSRsderivedfromSalicorniaplantsESTs(expressedsequencetag)，andtodevelopEST—SSRmarkers，allESTssequencesfromSalicorniaplantsandcloselyrelatedspeciesweredownloadedwithfromNCBIdatabase．Asetofsoftwaresuchascrossmatchwasusedfortheremovalofvectorsequence，po

7、lyA／T，low-qualitysequences，segmentsshorterthan100bporlongerthan700bpinover—longESTsequence．Non—redundantES—TswasobtainedbysequenceassemblyusingCAP3software，andanalyzedonlinebySSRIT，awebtoolforSSRhunting．Primet5．0softwarewasusedtodesignPCRprimersand收稿日期：2013-08—18estimatetheusabili

8、tyofEST．SSRprimers．ThePCR基金項目：江蘇省