植物est_ssr標(biāo)記開發(fā)及其應(yīng)用

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1、基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)，2010年，第29卷，第3期，第534-541頁GenomicsandAppliedBiology,2010,Vol.29,No.3,534-541評述與展望ReviewandProgress植物EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及其應(yīng)用張利達(dá)*唐克軒上海交通大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物學(xué)院植物生物技術(shù)研發(fā)中心,上海,200030*通訊作者,zhangld@sjtu.edu.cn摘要隨著生物科技的進(jìn)步，大量的植物表達(dá)序列標(biāo)簽(expressedsequencetags,ESTs)已經(jīng)成為開發(fā)SSR標(biāo)記的重要資源。ES

2、T-SSR作為一種新型分子標(biāo)記，其多態(tài)性可能與基因功能直接相關(guān)，而且在相近植物間具有良好通用性，使得EST-SSR標(biāo)記在實際應(yīng)用中更具價值。采用計算機方法大規(guī)模發(fā)掘EST-SSR多態(tài)性位點極大地提高了SSR標(biāo)記開發(fā)效率。尤其隨著新一代測序技術(shù)的成熟以及測序成本的急劇下降，利用新一代測序技術(shù)產(chǎn)生大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行EST-SSR多態(tài)性標(biāo)記的計算機大規(guī)模發(fā)掘?qū)SR標(biāo)記的開發(fā)帶來深遠(yuǎn)影響。本文簡要介紹了植物EST-SSR分布特點，并對EST-SSR標(biāo)記開發(fā)現(xiàn)狀以及相關(guān)應(yīng)用作了綜合評述，此外，還對EST-SSR標(biāo)記的

3、計算機開發(fā)新策略進(jìn)行了展望。關(guān)鍵詞表達(dá)序列標(biāo)簽(ESTs),簡單重復(fù)序列(SSRs),EST-SSRsDevelopmentofPlantEST-SSRMarkersandItsApplicationZhangLida*TangKexuanPlantBiotechnologyResearchCenter,SchoolofAgricultureandBiology,ShanghaiJiaoTongUniversity,Shanghai,200030*Correspondingauthor,zhangld@sjtu.

4、edu.cnDOI:10.3969/gab.029.000534AbstractWiththedevelopmentofbiotechnology,alargenumberofexpressedsequencetags(ESTs)isavaluableresourcefordevelopmentofSSRmarkersinplants.EST-SSRsareanewkindofmolecularmakersderivedfromtranscriptswithremarkableadvantagesinapplic

5、ationsduetothepotentialrolesingenefunctionandthehighleveloftransferabilitytorelatedspecies.Large-scaleidentificationofpolymorphicEST-SSRsinsilicogreatlyimprovestheefficiencyofmarkerdevelopment.Especially,asthematurationofthenewsequencingtechnologiesandtheshar

6、pdeclineinitssequencingcost,whencombinedwiththenewsequencingtechnologies,theinsilicomethodfortheidentificationofpolymorphicEST-SSRsbasedonthetranscriptomedataproducedbythenewsequencingech-nologieswillhaveabigimpactonthedevelopmentofSSRmarkersinplants.Inthisar

7、ticle,webrieflyintroducethefeatureofEST-SSRsinplantsandcomprehensivelyreviewethestatusonthedevelopmentofEST-SSRmarkersanditsrelativeapplications.Furthermore,wealsoprospectthenewstrategyfordevelopmentofEST-SSRsinsilico.KeywordsExpressedsequencetags(ESTs),Simpl

8、esequencerepeats(SSRs),EST-SSRs簡單重復(fù)序列(simplesequencerepeats,SSRs)，又限制，長期以來使得SSR標(biāo)記僅在模式植物或者是稱微衛(wèi)星序列(microsatellites)，大量存在于真核基因經(jīng)濟(jì)價值較高的作物上得到開發(fā)和應(yīng)用。隨著植物組中。由于多態(tài)性高、技術(shù)重復(fù)性好，易于操作等優(yōu)表達(dá)序列標(biāo)簽(expressedseq