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《轉(zhuǎn)錄組測序深度對表達基因檢出及表達量估計的影響-論文.pdf》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報JournalofYunnanAculturalUniversity，2014，29(5)：642—647http：／／xb．ynau．edu．cnISSN1004—390X；CODENYNDXAXE-mail：xb@ynau．edu．cnDOI：10．3969／j．issn．1004—390X(n)．2014．05．004轉(zhuǎn)錄組測序深度對表達基因檢出及表達量估計的影響術(shù)高原，王翌霞，張亮，竇同海，周雁(1．復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院微生物學(xué)與微生物工程系，上海200433；2．上海人類基因組研究中心，上海市疾病與
2、健康基因組學(xué)重點實驗室，上海201203)摘要：基于第二代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組測序(RNA—seq)是目前基因表達分析的重要手段，其測序深度與檢出的表達基因數(shù)量及基因表達量準確程度直接相關(guān)。為探索轉(zhuǎn)錄組測序深度對基因表達分析的影響，進而為不同實驗需求選擇合適的測序深度提供參考，本研究采用Hiseq2000高通量測序平臺完成小鼠大腦轉(zhuǎn)錄組的深度測序，共產(chǎn)出38M有效reads。從中隨機抽取總量的25％，50％，75％和全部數(shù)據(jù)模擬建成4個不同測序深度的文庫，并以相對表達量RPKM值的高低將表達基因劃分為5組，比較分析不同測序深度下
3、不同組別檢出表達基因個數(shù)以及基因相對表達量(RPKM)的變化。結(jié)果表明，9．5Mreads的測序深度中可檢出81．55％的總編碼基因，而隨測序深度增加新檢出表達基因的數(shù)量逐步減少?；虮磉_量的分析中，中高表達量基因RPKM[30，+。。)、偏低表達基因RPKM[3，30)和低表達基因RPKM[1，3)的相對表達量分別在9．5M，19M和28．5M有效reads的測序深度以上的文庫中趨于穩(wěn)定。由此可知，研究中高表達基因時，可參考的轉(zhuǎn)錄組測序量為9．5M有效reads以上，而研究低表達基因時，測序量需為19M有效reads或更高
4、。關(guān)鍵詞：高通量測序技術(shù)；RNA—seq；測序深度；基因檢出個數(shù)；基因表達量中圖分類號：Q786文獻標志碼：A文章編號：1004—390X(20l4)05—0642—06ImpactofSequenceDepthtoNumberofDetectedGeneandExpressionValueinRNASeqGAOYuan，WANGYixia，ZHANGLiang，DOUTonghai，ZHOUYah(1．FudanUniversity，LifeScienceCollege，MicrobiologyandMicrobiolog
5、yEngineering，Shanghai200433，China；2．Shanghai—MOSTKeyLaboratoryofHealthandDiseaseGenomics，ChineseNationalHumanGenomeCenteratShanghai，Shanghai201203，China)Abstract：Basedonnextgenerationsequencingtechnology，RNA—seqhasbecomeanimportantmeth—odofgeneexpressionanalysis．Wh
6、ilethenumberofdetectedgenesandtheaccuracyofgeneexpres—sionlevelisdirectlyaffectedbysequencingdepth．ToexaminetheinfluenceofdifferentsequencingdepthsofRNA—seqanalysis，mousebraintranscriptomelibrarywassequencedbyHiseq2000platform，whichgenerated38Mqualifiedreads．Andthe
7、nrandomlydown—sampledtheRNA—seqreadstogener—ate25％，50％and75％readstoconstitutefourdifferentsequencingcapacitylibrarieswiththewholesequencinglibrary．Detectedgenesweregroupedto5groupsintermoftheirrelativeexpressionvalue(RPKM)．Comparativeanalysiswasperformedontheamount
8、ofdetectedgeneanddifferenceofgeneexpressionvalue(RPKM)amongdifferentgroups．Theresultshowed88．55％oftotalcodinggenes收稿日期：2014—06—08修回日期：2014—06—19網(wǎng)
