章祥蓀-社團結構分析ppt

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1、1章祥蓀復雜網(wǎng)絡的社團結構分析Communitystructureincomplexnetworkshttp://zhangroup.aporc.org中國科學院數(shù)學與系統(tǒng)科學研究院全國復雜網(wǎng)絡會議，蘇州大學，2010，10,17Bio-molecularnetworks（生物分子網(wǎng)）許多生物問題,特別是人類的疾病,在分子層面上都可歸于“systemsproblems”--LeroyHood許多生物問題可以表達成生物分子網(wǎng)絡（bio-molecularnetworks）的問題。生物分子網(wǎng)絡包括：蛋白質相互作用網(wǎng)（proteininte

2、ractionnetworks）,新陳代謝網(wǎng)（metabolicnetworks），基因調(diào)控網(wǎng)（generegulatorynetworks）,e.t.;他們都有共同的性質更為有趣的是，許多這樣的網(wǎng)是“復雜”網(wǎng)絡23復雜網(wǎng)絡的典型代表:生物分子網(wǎng)絡之一----蛋白質相互作用網(wǎng)（Scale-free)酵母細胞中的蛋白質相互作用網(wǎng)絡(A.-L.Barabási,NATUREREVIEWSGENETICS,2004)Jeong,2000,Nature包括太古代（Archae），細菌（Becterium),真核生物（Eukaryote）在內(nèi)的

3、43個物種的新陳代謝網(wǎng)（Metabolicnetwork）都是Scale-free的。4Protein-proteininteractionnetworksRui-ShengWang,YongWang,Ling-YunWu,Xiang-SunZhang,LuonanChen.Analysisonmulti-domaincooperationforpredictingprotein-proteininteractions.BMCBioinformatics,8:391,2007ShihuaZhang,Xue-MeiNingandXian

4、g-SunZhang.IdentificationoffunctionalmodulesinaPPInetworkbycliquepercolationclustering.Computationalbiologyandchemistry,30(6),445-451,2006.LuonanChen,Ling-YunWu,YongWangandXiang-SunZhang.InferringProteinInteractionsfromExperimentalDatabyAssociationProbabilisticMethod.Pr

5、oteins:Structure,Function,andBioinformatics,Vol.62,pp.833-837,2006.Xiang-SunZhang,Rui-ShengWang,Ling-YunWu,ShihuaZhangandLuonanChen.InferringProtein-ProteinInteractionsbyCombinatorialModels.IFMBEProceedings,Vol.14,2006,183--186,SpringerBerlinHeidelberg.5Metabolicandsign

6、alingnetworksZhenpingLi,Rui-ShengWang,Xiang-SunZhangandLuonanChen.Detectingdrugtargetswithminimumsideeffectsinmetabolicnetworks.IETSystemsBiology,3(6),523-533,2009ZhenpingLi,Rui-ShengWang,Xiang-SunZhang.MassFlowModelandEssentialityofEnzymesinMetabolicNetworks.LectureNot

7、esinOperationsResearch,9,pp.182-190,WorldPublishingCorporation,Lijiang,2008.JinG,ZhouX,WangH,ZhaoH,CuiK,ZhangXS,ChenL,HazenSL,LiK,WongSTTheKnowledge-IntegratedNetworkBiomarkersDiscoveryforMajorAdverseCardiacEvents.JProteomeRes7(9):4013-4021,20086LuonanChen,Rui-ShengWang

8、,Xiang-SunZhang.BiomolecularNetworks:MethodsandApplicationsinSystemsBiology.JohnWiley&Sons,Hoboken,NewJersey.J