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1、2018屆研究生博士學位論文學校代碼：10269學號：52123300008———————————————EastChinaNormalUniversity博士學位論文DOCTORALDISSERTATION論文題目：長鏈非編碼RNA在肝癌研究中的數據整合分析院系：化學與分子工程學院專業(yè)：生物化學與分子生物學研究方向：生物信息學指導教師：董東教授論文作者：馬旖蓵2018年5月21日Dissertationfordoctoraldegreein2018Universitycode:10269Stud
2、entID:52123300008EastChinaNormalUniversityTitle:Integrative-analysisoflongnon-codingRNAinHepatocellularcarcinomaDepartment:SchoolofChemistryandMolecularEngineeringMajor:BiochemistryandMolecularBiologyResearchdirection:BioinformaticsSupervisor:Prof.Don
3、gDongCandidate:YijieMAMay21，2018華東師范大學學位論文原創(chuàng)性聲明鄭重聲明：本人呈交的學位論文《長鏈非編碼RNA在肝癌研究中的數據整合分析》，是在華東師范大學攻讀碩士/博士（請勾選）學位期間，在導師的指導下進行的研究工作及取得的研究成果。除文中已經注明引用的內容外，本論文不包含其他個人已經發(fā)表或撰寫過的研究成果。對本文的研究做出重要貢獻的個人和集體，均已在文中作了明確說明并表示謝意。作者簽名：日期：年月日華東師范大學學位論文著作權使用聲明《長鏈非編碼RNA在肝癌研究中的
4、數據整合分析》系本人在華東師范大學攻讀學位期間在導師指導下完成的碩士/博士（請勾選）學位論文，本論文的著作權歸本人所有。本人同意華東師范大學根據相關規(guī)定保留和使用此學位論文，并向主管部門和學校指定的相關機構送交學位論文的印刷版和電子版；允許學位論文進入華東師范大學圖書館及數據庫被查閱、借閱；同意學校將學位論文加入全國博士、碩士學位論文共建單位數據庫進行檢索，將學位論文的標題和摘要匯編出版，采用影印、縮印或者其它方式合理復制學位論文。本學位論文屬于（請勾選）（）1.經華東師范大學相關部門審查核定的“
5、內部”或“涉密”學位論文*，于年月日解密，解密后適用上述授權。（）2.不保密，適用上述授權。導師簽名本人簽名年月日*“涉密”學位論文應是已經華東師范大學學位評定委員會辦公室或保密委員會審定過的學位論文（需附獲批的《華東師范大學研究生申請學位論文“涉密”審批表》方為有效），未經上述部門審定的學位論文均為公開學位論文。此聲明欄不填寫的，默認為公開學位論文，均適用上述授權）。馬旖蓵博士學位論文答辯委員會成員名單姓名職稱單位備注黃勝林研究員復旦大學附屬主席腫瘤醫(yī)院腫瘤研究所張巍教授華東師范大學袁崇剛教授華
6、東師范大學鄭華軍研究員上海計劃生育科學研究所張鵬研究員中科院植生所內容摘要內容摘要肝細胞癌是一種全球高發(fā)的惡性腫瘤疾病。目前，對于肝細胞癌的產生和發(fā)展分子機制尚不明晰。近年來，一些研究表明長非編碼RNA（longnon-codingRNA，lncRNA）在肝細胞癌細胞的異化過程中起到了關鍵作用，且具有成為潛在分子標志物的可能。目前，適用于肝細胞癌的lncRNA預后標志物還沒有達成共識。而且，不同肝細胞癌階段中l(wèi)ncRNA的動態(tài)變化及涉及的相關生物學功能的情況也尚未明確。得益于高通量測序和不斷更新的
7、lncRNA注釋，使用現有公開數據發(fā)掘lncRNA與肝細胞癌之間的關系成為可能。本論文基于大量已有肝細胞癌樣本的轉錄組數據，合理運用生物信息學方法，對lncRNA在肝細胞癌中的預后能力、對癌細胞發(fā)展過程的影響和在病毒整合中涉及的功能進行了探討。文中，我們首先對lncRNA在肝細胞癌中的預后作用進行了可行性研究。研究選取了TheCancerGenomeAtlasproject（TCGA）數據庫中的364位肝細胞癌病人作為訓練集和測試集、GEO數據庫中GSE14520數據集的221位病人作為驗證集。在
8、訓練集中，我們篩選出了與病人癌癥生存顯著相關的四個lncRNA并構建了一個可區(qū)分病人生存概率的風險值模型。通過使用測試集和驗證集驗證，該風險值模型被證明有著良好的重復性和可靠性。此外，在對不同臨床因素患者亞群中的分析表明，該風險值模型具有很好的獨立性。為了進一步了解這些預后相關lncRNA的生物功能，我們采用了基因富集分析，其結果揭示了這些lncRNA與肝細胞癌細胞通路有密切關系。文中認為基于多個lncRNA表達豐度計算得到的風險值可以成為肝細胞癌癌診斷和預后預測的有效標志物。為了
