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1、陸地棉“O個BAC測序結果的初步分析1．4．2重復序列分析?????????????????????????．131．4．2．1重復序列的種類??????????????????????131．4．2．2重復序列的注釋軟件????????????????????．．131．4．3基因功能注釋?????????????????????????141．5比較基因組學??????????????????????????．．141．5．1比較基因組學的應用??????????????????????14
2、1．5．1．1發(fā)現(xiàn)非編碼的功能序列區(qū)域?????????????????151．5．1．2發(fā)現(xiàn)新基因????????????????????????151．5．1．3發(fā)現(xiàn)功能性SNP???????????????：???????151．5．1．4發(fā)現(xiàn)基因拷貝數(shù)的多態(tài)性??????????????????．151．5．1．5闡述物種間的進化史????????????????????。161．5．2比較基因組學的具體應用方法和策略???????????????161．5．2．1鑒定功能原件前先明確基
3、因序列的進化關系??????????161．5．2．2針對不同的目的選擇不同的比對序列?????????????．161，5．2．3預先對比較的DNA序列進行注釋??????????????．．171．5．2．4選擇合適的比對方法????????????????????171．6本研究立題依據(jù)及意義??????????????????????．．172材料方法??????????????????????????????．192．1BAC文庫的來源?????????????????????????
4、。l92．2測序和組裝???????????????????????????．192．3基因預測軟件的測試???????????????????????．192．4BAC序列注釋和序列比對?????????????????????．2l2．5比較基因組學分析?????????????????????????2l2．5．1共線性染色體片段的分析方法???????????????????．2l2．5．2同源基因搜索及進化樹構建分析方法????????????????2l2．5．2．1FGF法????
5、???????????????????????????????2l陸地棉llO個BAC測序結果的初步分析2．5．2．2多重序列比對法??????????????????????213結果分析??????????????????????????????233．1測序信息統(tǒng)計???????????????????????????233．2基因預測軟件的測試結果?????????????????????．233．3基因預測結果的統(tǒng)計???????????????????????。253．4基因分布的統(tǒng)
6、計?????????????????????????．263．5基因大小及其外顯子和內含子統(tǒng)計??????????????????273．6基因島統(tǒng)計???????????????????????????．283．7GC含量統(tǒng)計???????????????????????????293．8重復序列統(tǒng)計??????????????????????????．323．9基因產物的功能注釋：??????????????????????．333．9．1棉酚相關??????????????????????
7、?????333．9．2纖維發(fā)育相關????????????????????????．．333．9．3棉花開花及顏色相關??????????????????．???．343．9．4抗性相關??????????????????????????．．343．9．5轉錄因子??????????????????????????一343．1O比較基因組學分析????????????????????????343．1O．1共線性分析?????????????????????????343．10．2同源基因搜索
8、及其進化樹構建分析???????????????353．1O．2．1FGF法結果及分析????????????????????．．353．10．2．2多重序列比對法結果及分析????????????????．．374討論??????????????????．二???????????????????????．．394．1棉花基因組測序方法的選擇和測序策略的制定?????????．．j??．394．2基因預測軟件的選擇???????????????????????．．394．3基因組結構分析????
