魁蚶轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)的構(gòu)建分析及免疫相關(guān)基因的克隆、表達(dá)、抗菌活性研究

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1、學(xué)校代碼：10264研究生學(xué)號(hào)：M120101017上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文魁蚶轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)的構(gòu)建分析及免疫相關(guān)基因題目：的克隆、表達(dá)、抗菌活性研究Construction,AnalysisoftheTranscriptomeLibrary,andCloning,Expression,Antibacterial英文題目：ActivityStudyofImmune-relatedGenesinScapharcabroughtonii專(zhuān)業(yè)：水產(chǎn)養(yǎng)殖研究方向：貝類(lèi)分子免疫姓名：鄭利兵指導(dǎo)教師：劉志鴻研究員

2、2015年4月10日謹(jǐn)以此文獻(xiàn)給我的導(dǎo)師劉志鴻研究員以及所有關(guān)心和支持我的人-------鄭利兵魁蚶轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)的構(gòu)建分析及免疫相關(guān)基因的克隆、表達(dá)、抗菌活性研究學(xué)位論文完成日期：指導(dǎo)老師簽名：答辯委員會(huì)成員簽名：上海海洋大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：我恪守學(xué)術(shù)道德，崇尚嚴(yán)謹(jǐn)學(xué)風(fēng)。所呈交的學(xué)位論文，是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨(dú)立進(jìn)行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)明確注明和引用的內(nèi)容外，本論文不包含任何其他個(gè)人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫(xiě)過(guò)的作品及成果的內(nèi)容。論文為本人親自撰寫(xiě)，我對(duì)所寫(xiě)的內(nèi)容負(fù)責(zé)，并完全

3、意識(shí)到本聲明的法律結(jié)果由本人承擔(dān)。學(xué)位論文作者簽名：日期：年月日上海海洋大學(xué)學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書(shū)學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，同意學(xué)校保留并向國(guó)家有關(guān)部門(mén)或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版，允許論文被查閱或借閱。本人授權(quán)上海水產(chǎn)大學(xué)可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存和匯編本學(xué)位論文。保密□，在年解密后適用本版權(quán)書(shū)。本學(xué)位論文屬于不保密□學(xué)位論文作者簽名：指導(dǎo)教師簽名：日期：年月日日期：上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文答辯委員

4、會(huì)成員名單姓名工作單位職稱(chēng)備注王清印黃海水產(chǎn)研究所研究員主席李琪中國(guó)海洋大學(xué)教授委員李軍中國(guó)科學(xué)院海洋研究所研究員委員李富花中國(guó)科學(xué)院海洋研究所研究員委員莊志猛黃海水產(chǎn)研究所研究員委員吳彪黃海水產(chǎn)研究所助理研究員秘書(shū)上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文魁蚶轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)的構(gòu)建分析及免疫相關(guān)基因的克隆、表達(dá)和抗菌活性研究摘要魁蚶（Scapharcabroughtonii）屬于軟體動(dòng)物門(mén)（Mollusc），雙殼綱（Bivalve），蚶目（Arcoida），蚶科（Arcoidae），毛蚶屬（Arca））。殼面有42-4

5、8條放射肋，以43條者居多。主要分布于我國(guó)渤海及黃海北部。魁蚶因其個(gè)體大、生長(zhǎng)快，肉味鮮美，富含蛋白質(zhì)和多種維生素，具有很高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，是我國(guó)出口換匯率較高的水產(chǎn)品之一。近幾年來(lái)，我們課題組對(duì)魁蚶的血細(xì)胞形態(tài)、免疫功能及種質(zhì)資源和遺傳多樣性做過(guò)研究，發(fā)現(xiàn)魁蚶對(duì)鰻弧菌具有較強(qiáng)的抗菌功能。早期野生魁蚶資源豐富，市面上銷(xiāo)售的也都是野生捕撈種。近年來(lái)，近海養(yǎng)殖規(guī)模的不斷擴(kuò)大和人類(lèi)活動(dòng)的日漸頻繁，導(dǎo)致灘涂生態(tài)環(huán)境惡化，加之過(guò)度捕撈，野生魁蚶群體出現(xiàn)病害和資源量下降的現(xiàn)象。為恢復(fù)其資源，魁蚶增殖放流和人工養(yǎng)殖

6、便應(yīng)運(yùn)而生，且發(fā)展迅猛，為防止魁蚶在規(guī)?；B(yǎng)殖過(guò)程中爆發(fā)病害，需加強(qiáng)魁蚶抗病選育及其免疫機(jī)制研究。然而相關(guān)研究報(bào)道還較少，主要是運(yùn)用傳統(tǒng)分析學(xué)方法在細(xì)胞水平上對(duì)血細(xì)胞及其免疫功能等進(jìn)行一些基礎(chǔ)性的研究，有關(guān)魁蚶免疫系統(tǒng)作用的分子機(jī)制研究在國(guó)內(nèi)外幾乎還是空白?？拦δ芑虻难芯靠蔀榧膊》乐翁峁├碚摶A(chǔ)，因此發(fā)掘魁蚶免疫基因、加強(qiáng)免疫機(jī)制研究顯得尤為重要，深入挖掘魁蚶免疫因子對(duì)其產(chǎn)業(yè)的發(fā)展具有重要的理論和現(xiàn)實(shí)意義。TM本研究通過(guò)IllumiaHiseq2000技術(shù)構(gòu)建并分析魁蚶轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)。采用拼接軟件

7、Trinity對(duì)所得序列進(jìn)行de-novo組裝，共獲得86,689條高質(zhì)量unigenes（>200bp），總長(zhǎng)度為71,873,603bp，平均長(zhǎng)度829bp，N50長(zhǎng)度為2256bp，N90長(zhǎng)度是454bp，最長(zhǎng)的序列為33,269bp。通過(guò)BLAST比對(duì)進(jìn)行基因功能注釋?zhuān)汗灿?2,117（25.51%）條unigenes在Nr數(shù)據(jù)庫(kù)中存在相似序列，分別有21,404（24.69%）、21,207（24.46%）條unigenes在GO和PFAM數(shù)據(jù)庫(kù)中注釋成功，在注釋成功的序列中有7,531

8、條序列被定位在31個(gè)KEGG的通路當(dāng)中。結(jié)果表明：構(gòu)建的魁蚶轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)質(zhì)量較高，篩選獲得的免疫相關(guān)unigenes為魁蚶功能基因的分子克隆和研究奠定基礎(chǔ)。采用RACE技術(shù)克隆獲得魁蚶錳超氧化物歧化酶（MnSOD）基因全長(zhǎng)cDNA序列，命名為SbMnSOD。序列結(jié)構(gòu)分析表明：SbMnSOD基因cDNA全長(zhǎng)1003bp，I上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文5’-和3’-非編碼區(qū)（UTR）分別為32bp、275bp；開(kāi)放閱讀框長(zhǎng)696bp，編碼一個(gè)由232個(gè)氨基酸組成的多肽，預(yù)測(cè)的蛋白分子量為25