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《CNV_復(fù)旦張鋒》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、基因組拷貝數(shù)變異(CNV)——疾病遺傳學(xué)研究的新方向張鋒復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院二O一O年五月CNV(CopyNumberVariation)基因組片段的拷貝數(shù)變化正常人類基因組構(gòu)成成分是當(dāng)基因組片段出現(xiàn)缺失成對(duì)存在，即2份拷貝或重復(fù)時(shí)，導(dǎo)致CNV染色體成對(duì)等位基因成對(duì)缺失正常重復(fù)1或0拷貝2拷貝>2拷貝基因組分析技術(shù)的分辨率Gbanding[>4Mb]FISH[40to250Kbperclone]ChromosomeMicroarrayAnalysisDNAsequencing[1bp]CNV領(lǐng)域的奠基之
2、作《自然·遺傳學(xué)》：《科學(xué)》：在人類基因組上發(fā)現(xiàn)的大尺度變異人類基因組上的大尺度拷貝數(shù)多態(tài)2004年同時(shí)發(fā)表于NatureGenetics和Science基因組拷貝數(shù)多態(tài)和結(jié)構(gòu)多態(tài)Copynumbervariation(CNV):aDNAsegmentthatispresentatavariablecopynumberincomparisonwithareferencegenome,forexample,deletionandduplication.Structuralvariation(SV):inc
3、ludesCNVandotherbalancedvariationssuchasinversionandtranslocation.Zhangetal.(2009)Annu.Rev.GenomicsHum.Genet.CNV與人類疾病密切相關(guān)神經(jīng)和精神免疫系統(tǒng)其他復(fù)雜罕見疾病系統(tǒng)疾病疾病疾病和遺傳病老年癡呆艾滋病男性不育先天性心臟病帕金森氏癥紅斑狼瘡高血壓A型血友病智障魚鱗癬肥胖地中海貧血癲癇克隆氏病骨質(zhì)疏松腦白質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良自閉癥銀屑病膽囊纖維化多囊腎精神分裂胰腺炎各種癌癥先天性畸形。。。。。。。。。。。
4、。CNV是一種重要的遺傳致病因素?每個(gè)人都有CNV—自然發(fā)生的基因敲除和增加?突變率高—比SNP高100-1萬倍?致病性—CNV和疾病間大都為因果關(guān)系人類基因組CNV圖譜（而非易感性）Conrad等,Nature2010CNV致病的機(jī)理模型TraitNAHRsubstrateNeuropathyCMT1AA)genedosageMentalretardationSMS-InfertilityAZFcB)geneinterruptionBleedingint22hint22hAnemiaa-globinC
5、)genefusionColorblindnessRCPBloodhypertensionCYP11B1D)positioneffectPtosisE)unmaskingrecessiveMR&DeafnessSMS-alleleorfunctionalorOvergrowthSos-REP&(mutationinpolymorphism**&BleedingPigmentationPWS-LupskiandStankiewicz(2005)PLoSGenetics全基因組規(guī)模的CNV分析平臺(tái)aCGH(
6、arraycomparativegenomichybridization)-BAC-oligoSNParray-genotyping&Mendelianrules-hybridizationsignalintensitySequencingandcomparison(candetectinversion)-Paired-endsequencing-WholegenomesequencingCy5--Cy3Agilent44KArray(4x44KFormat)ANormalsample,ratio=2/
7、2=1,logratio=02AdeletionincludingPLP1,ratio=1/2,logratio=-12Recurrentdup(17)(p11.2p11.2),ratio=3/2=1.5logratio=0.62SNPgenotyping(abnormaltransmission)McCarrolletal.2006NatGentPaired-endsequencingKorbeletal.2007Science可用于CNV定點(diǎn)分析的技術(shù)QuantitativePCR-SYBRgree
8、n-TaqManMLPA(MultiplexLigation-dependentProbeAmplification)Accucopy。。。Gu,Zhang,andLupski(2008)PathoGeneticsNonAllelicHomologousRecombinationabInterchromosomalInterchromatidIntrachromatidRearrangements:del20outcome:deldupde
