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《鈍頂螺旋藻蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝途徑研究》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、’3．、◆，'’■l鼉-’1▲'▲目錄中文摘要??????????????????????????2英文摘要?????????????????????????．41引言??????????????????????????????????．．72材料與方法???????????????????．．．????．82．1基因組隨機(jī)文庫的構(gòu)建????????????????．82．2基因組序列拼接與注釋???????????????．．102．3鈍頂螺旋藻總蛋白的提取??????????????．112．4SDS．PAGE凝膠電泳????????????????．．122．5雙向凝膠圖像分析及
2、MALDI．TOFMS蛋白鑒定?????133結(jié)果?????????????????????：????????????．．143．1鈍頂螺旋藻基因組分析???????????????．．143．2二向蛋白電泳及蛋白鑒定??????????????163．3差異表達(dá)蛋白及其代謝途徑分析???????????．174分析與討論???????????????????????254．1糖酵解途徑和糖異生途徑??????????????254．2戊糖磷酸途徑???????????????_????274．3光合作用及C02的固定???????????????．284．4蛋白翻譯后修飾??????
3、????????????．304．5脂類合成??????????．／???????????304．6胞外被膜的生物合成及分泌?????????????314．7氨基酸生物合成??????????????????。314．8核苷酸代謝?????????????????????314．9輔助因子??????????????????????324．10其他蛋白?????????????????????．325小結(jié)與展望???????????????????????．33參考文獻(xiàn)??????????????????????????35附錄????????????????????????????
4、?????．j?．．39致謝???????????????????????????????????．40綜五匕???????????????????????????????????．41學(xué)位論文獨創(chuàng)性聲明????????????????????56溫州醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位論文不同光照條件下鈍頂螺旋藻蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝途徑研究中文摘要【目的】本項研究在完成的鈍頂螺旋藻全基因組測序的基礎(chǔ)上，利用蛋白組學(xué)技術(shù)(2D．PAGE和MALDI．TOFMS技術(shù))，進(jìn)行鈍頂螺旋藻不同光照條件下的蛋白表達(dá)譜分析，探索鈍頂螺旋藻對外界光條件的響應(yīng)。運用比較蛋白組學(xué)分析蛋白表達(dá)的差異，追蹤并進(jìn)一步鑒定這些差異蛋白，
5、且定位到基因組相應(yīng)的ORF上，尋找出一些重要ORF的功能信息。另外，我們將追蹤這些差異蛋白在脅迫環(huán)境下是如何協(xié)調(diào)各自的代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，將有助于拓展對藍(lán)藻的蛋白組學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)的研究。本研究將為后續(xù)的研究奠定了基礎(chǔ)，即利用集胞藻PCC6803作為藍(lán)細(xì)菌遺傳轉(zhuǎn)化系統(tǒng)的模式生物，進(jìn)行差異表達(dá)蛋白的功能驗證，進(jìn)而研究螺旋藻代謝途徑調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的分子基礎(chǔ)?！痉椒ā繉σ淹瓿傻拟g頂螺旋藻基因組用Glimmer3．02進(jìn)行ORF預(yù)測，根據(jù)序列相似性進(jìn)行功能注釋，并根據(jù)COG進(jìn)行蛋白分類及功能研究。分別提取光照和黑暗條件下培養(yǎng)的鈍頂螺旋藻總蛋白，經(jīng)2D．PAGE分離出各蛋白組分，銀染后，進(jìn)行UNAXPower
6、look2100XL掃描儀獲得圖像，利用ImageMaster2Dplatinum5．0程序分析找出差異表達(dá)蛋白點。通過顯著性分析，我們挑選出重復(fù)性好的蛋白點進(jìn)行胰酶消化，MALDI．TOF質(zhì)譜儀分析。肽指紋圖譜通過軟件FlexAnalysiS2．4和BrukerDaltonicsBioTools3．0連接到MascotNCBInr數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對分析，對所鑒定的蛋白根據(jù)COG進(jìn)行功能分類，并通過KEGGKAAS將其定位到各自的代謝途徑上，進(jìn)行表達(dá)調(diào)控研究。【結(jié)果】1．成功構(gòu)建30．40kb大小的fosmid文庫，進(jìn)行末端測序，獲得7175條reads，經(jīng)Phred／Phrap序列拼接，
7、solexa測序，以及PCR測序延伸，形成11組大Scaffolds，涵蓋整個基因組達(dá)6．82Mb。2．利用Glimmer3．02預(yù)測了5713個ORF，并做相似性比對，結(jié)果發(fā)現(xiàn)有5210個ORF與己知基因有不同程度的相似性，且這些ORF中有88．2％(4595／5210)與極大節(jié)旋藻(ArthrospiramaximaCS．328)基因非常相似，表明兩者親緣關(guān)系密切。為把這些預(yù)測的基因進(jìn)行功能分類，COG比對結(jié)果發(fā)現(xiàn)可以對3602個基因(63
