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1、第31卷第1期生物學(xué)雜志Vo1．3lNo．12014年2月JOURNALOFBIOLOGYFeb，2014doi：10．3969／j．issn．2095—1736．2014．O1．001亞心型扁藻葉綠體psbA基因的克隆及序列分析侯士昌，崔玉琳，溫少紅，唐志紅，秦松(1．煙臺(tái)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院，山東煙臺(tái)264003；2．中國(guó)科學(xué)院煙臺(tái)海岸帶研究所，山東煙臺(tái)264003)摘要：基因是葉綠體基因組中一個(gè)重要的光調(diào)控基因，編碼光和系統(tǒng)Ⅱ反應(yīng)中心的D1蛋白。根據(jù)葉綠體基因組序列高度保守的特性，利用菜茵衣藻(Chlamydomonasreinhardtii)psbA基因的保守序列(基
2、因登錄號(hào)：HQ667991．1)設(shè)計(jì)引物，采用PCR步移的方法從亞心型扁藻(Platymonassubcordiformis)基因組DNA中克隆到psbA基因全長(zhǎng)(基因登錄號(hào)：KF528742)。序列分析表明，亞心型扁藻psbA基因全長(zhǎng)1939bp，編碼區(qū)長(zhǎng)度為1062bp，推導(dǎo)編碼353個(gè)氨基酸，包括4個(gè)賴氨酸殘基。有效密碼子數(shù)顯示psbA基因具有明顯的密碼子偏好性，并且偏好使用以A／T結(jié)尾的密碼子。相對(duì)同義密碼子使用度表明25個(gè)密碼子在編碼使用時(shí)具有偏好性，其中20個(gè)密碼子以A／T堿基結(jié)尾．占到80％。其終止密碼子使用了TAG。關(guān)鍵詞：亞心型扁藻(Platymonas
3、subcordiformis)；PCR步移；psbA基因；序列分析中圖分類號(hào)：Q943．2文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A文章編號(hào)：2095～1736(2014)01—0001—04CloningandsequenceanalysisofpsbAgenefragmentfromthechloroplastofPlatymonassubcordiformisHOUShi—chang，CUIYu．1in，WENShao．hong，TANGZhi—hong，QINSong(1．CollegeofLifeSciences，YantaiUniversity，Yantai264003；2．Yantai
4、InstituteofCoastalZoneResearch，ChineseAcademyofSciences，Yantai264003，China)Abstract：ThepsMgenecodingforD1proteininphotosyntheticⅡreactioncentreisoneoftheimportantlight—regulatedgenesinthechloroplastgenome．AccordingtoconservedmotifofthehomologousnucleotidesequenceofpsMofChlamydomonasreinha
5、rdtii(Gen·Bankaccessionnumber：HQ667991．1)byusinggenomewalking，1939bpfragmentwasamplifiedfromthegenomeofPlatymonassub—cordiformis(GenBankaccessionnumber：KF528742)．Resultsshowedthatthecodingregionhad1062bpand353aminoacidswerededucedincluding4lysines．Theeffectivenumberofcodonsshowedthatcodon
6、biasexistedinthepsbAgene．ThecodonsendingwithA／Twerefrequentlyused．Synonymouscodonusageanalysisshowedthat25codonswerepreferredbythepsbAgenecodingDNAse—quenee(CDS)，and20codonsendingwithA／T，accountingfor80％oftheentireCDS．TheterminatorcodonwasTAG．Keywords：Platymonassubcordiformis；genomewalkin
7、g；gene；sequencinganalysis亞心型扁藻(Platymonussubcordiformis)是一種海動(dòng)物育苗中廣為應(yīng)用。此外，亞心型扁藻在藥用研洋產(chǎn)的單細(xì)胞浮游藻類，屬衣藻科、扁藻屬。亞心型扁究]、化合物毒性評(píng)估及光合放氫等方面同樣具藻因具有適應(yīng)能力強(qiáng)，繁殖速度快，適口性好，必需氨有廣闊的開(kāi)發(fā)空間?；岷扛呒白陨砟軌蚝铣刹⒏患邼舛榷嗖伙柡椭琾sbA基因是光合作物葉綠體基因組中的一個(gè)重要肪酸(polyunsaturatedfattyacids，PUFA)?等特點(diǎn)，是光調(diào)控基因，編碼光系統(tǒng)Ⅱ反應(yīng)中心的核心蛋
